Duchenne肌营养不良症单纤维dystrophin免疫荧光分析方法
数据覆盖dystrophin与spectrin共染的肌肉横截面共聚焦显微成像，可用于测量整个纤维群体的肌膜dystrophin强度，支持对治疗后dystrophin水平差异进行灵敏、可重复的客观评估（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）
基本信息
资源简介
Duchenne肌营养不良症单纤维dystrophin免疫荧光分析方法
A Sensitive, Reproducible and Objective Immunofluorescence Analysis Method of Dystrophin in Individual Fibers in Samples from Patients with Duchenne Muscular Dystrophy
该数据集来自figshare，配套2014年PLoS ONE论文，包含3个文件（Figure_S1.tif、Figure_S2.tif、Table_S1.docx），聚焦Duchenne肌营养不良症（DMD）患者肌肉活检中单根肌纤维dystrophin表达的免疫荧光与半自动图像分析方法。数据覆盖dystrophin与spectrin共染的肌肉横截面共聚焦显微成像，可用于测量整个纤维群体的肌膜dystrophin强度，支持对治疗后dystrophin水平差异进行灵敏、可重复的客观评估（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《A Sensitive, Reproducible and Objective Immunofluorescence Analysis Method of Dystrophin in Individual Fibers in Samples from Patients with Duchenne Muscular Dystrophy》发表于 PLoS ONE（2014），DOI：10.1371/journal.pone.0107494。源站首次发布：2014-09-22。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：Duchenne肌营养不良症（DMD）的特征是肌纤维肌膜内表面dystrophin表达缺失或水平降低。旨在提高dystrophin水平的治疗方法的临床开发需要灵敏且可重复地测量DMD患者肌肉活检中dystrophin表达的差异。然而，由于回复纤维出现的供体内和供体间变异以及整个活检中低水平痕量dystrophin表达，这构成了技术挑战。我们开发了一种免疫荧光和半自动图像分析方法，可测量肌肉活检中整个纤维群体每根单纤维的肌膜dystrophin强度。对dystrophin和spectrin共染的肌肉横截面已通过共聚焦显微镜成像，图像an
【数据结构与技术规格】
文件数 3 个，合计 1.97 MB。数据集 DOI：10.1371/journal.pone.0107494。
【主题与分类】
源站学科分类：Biological Sciences。主题标签：trace dystrophin expression、Duchenne Muscular Dystrophy Duchenne、biopsy、increase dystrophin levels、dmd、dystrophin expression、fiber population、cv、membrane intensity parameters。本站分类：肌肉骨骼疾病/其他。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biological Sciences。
【获取与许可】
源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_A_Sensitive_Reproducible_and_Objective_Immunofluorescence_Analysis_Method_of_Dystrophin_in_Individual_Fibers_in_Samples_from_Patients_with_Duchenne_Muscular_Dystrophy_/1177526
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Beekman, Chantal; A. Sipkens, Jessica; Testerink, Janwillem; Giannakopoulos, Stavros; Kreuger, Dyonne; C. van Deutekom, Judith; et al. (2016). A Sensitive, Reproducible and Objective Immunofluorescence Analysis Method of Dystrophin in Individual Fibers in Samples from Patients with Duchenne Muscular…
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-05-31，引用时请注意版本时效。
下载信息
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：A Sensitive, Reproducible and Objective Immunofluorescence Analysis Method of Dystrophin in Individual Fibers in Samples from Patients with Duchenne Muscular Dystrophy
- DOI：10.1371/journal.pone.0107494
- 发布日期：2014-09-22
- 文件数：3 个
- 文件总体积：1.97 MB
- 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_A_Sensitive_Reproducible_and_Objective_Immunofluorescence_Analysis_Method_of_Dystrophin_in_Individual_Fibers_in_Samples_from_Patients_with_Duchenne_Muscular_Dystrophy_/1177526
命令行下载
curl -L -o "Figure_S1.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/1685286"
curl -L -o "Figure_S2.tif" "https://ndownloader.figshare.com/files/1685287"
curl -L -o "Table_S1.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/1685289"
文件清单
Figure_S1.tif（1.36 MB）Figure_S2.tif（588.33 KB）Table_S1.docx（22.13 KB）
文件总体积 1.97 MB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
杜氏肌营养不良症（DMD）的特征是肌纤维肌膜内表面抗肌萎缩蛋白表达缺失或水平降低。旨在提高抗肌萎缩蛋白水平的治疗方法的临床开发，需要灵敏且可重复地测量接受治疗的DMD患者肌肉活检中抗肌萎缩蛋白表达的差异。然而，由于回复纤维出现的供体内和供体间差异以及整个活检中抗肌萎缩蛋白微量表达，这构成了技术挑战。我们开发了一种免疫荧光和半自动图像分析方法，可测量肌肉活检中整个纤维群体中每根单纤维的肌膜抗肌萎缩蛋白强度。对同时用抗肌萎缩蛋白和血影蛋白共染色的肌肉横截面进行共聚焦显微镜成像，并使用Definiens软件进行图像分析。在每根单肌纤维的血影蛋白肌膜掩膜中测量抗肌萎缩蛋白强度，并计算多个膜强度参数（每根纤维的平均值、最大值、分位数）。
直方图可以描绘活检样本中纤维群体抗肌萎缩蛋白强度的分布。该方法通过在DMD、贝克尔型肌营养不良症和健康肌肉样本中测量抗肌萎缩蛋白进行了验证。对DMD活检样本的重复或四份切片进行分析，无论是在同一天还是多天进行，由不同操作者执行，或是使用不同抗体，均显示出该方法的客观性和可重复性（批间精密度，CV 2–17%；批内精密度，CV 2–10%）。此外，该方法足够灵敏，能够一致地检测出一名DMD患者在接受研究性化合物治疗前后两次活检之间抗肌萎缩蛋白的微小差异。
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.pone.0107494（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_A_Sensitive_Reproducible_and_Objective_Immunofluorescence_Analysis_Method_of_Dystrophin_in_Individual_Fibers_in_Samples_from_Patients_with_Duchenne_Muscular_Dystrophy_/1177526）。
数据缺失？
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