银屑病关节炎与中轴型SpA公共转录组协调资源

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23485942

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 67.2 MB。

数据说明

由NCBI GEO构建的银屑病关节炎（PsA）、中轴型脊柱关节炎与强直性脊柱炎（axSpA/AS）、未分化脊柱关节炎及对照组的公共批量转录组协调资源。逐样本标签核查覆盖了38个系列中所有筛选的GSM；1，381个样本通过标签核查并已注释。来自21个系列的576个样本被重新处理为各系列基因矩阵；3个未通过质量控制。三个组织层面拥有足够数据以构建跨系列矩阵：全血（187个样本，9，192个基因）、滑膜（57个样本，11，322个基因；样本量少且存在混杂，见已知问题）和皮肤（66个样本，17，074个基因）。分选细胞和PBMC系列仅按系列提供。跨系列或细胞组分共享的患者已被标记，以避免重复计数。经ComBat校正的矩阵仅供探索和可视化使用。正式分析应在每个系列（或批次）内进行，使用各系列矩阵或以系列作为因子的未校正矩阵，然后通过随机效应荟萃分析合并系列内估计值。

不同归一化处理的系列不应合并用于推断（例如，将所有合并样本中的基因或评分进行相关性分析），因为不同系列间平台和归一化方法的差异可能会产生或掩盖关联。源数据为公开的NCBI GEO系列（NCBI对GEO数据的使用或分发不设限制）；未使用受控访问数据。请参阅文件中的README.md和MANIFEST.md5。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。