PRJNA991613：利用罗马尼亚采集的集合口腔液评估非洲猪瘟实时PCR诊断

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA991613

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究利用来自三个存在持续自然非洲猪瘟疫情的罗马尼亚农场的样本，进一步评估了猪口腔液实时PCR检测方法。在这一有限的数据集中，使用集合口腔液的实时PCR检测的朴素诊断灵敏度高于个体血液样本。来自美国猪群的已知阴性集合口腔液样本在使用相同实时PCR方法检测时未出现假阳性，提示该方法具有可靠的诊断特异性。在通过足够样本量的进一步研究得出结果之前，使用口腔液的实时PCR可谨慎地作为非洲猪瘟监测和诊断的补充样本类型，与目前批准的样本类型（包括血液和淋巴组织）并用。从四个样本中获得了基因组序列，其深度足以进行基于群体的变异特征分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。