基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

小鼠肠道宏基因组基因组测序与组装

PRJNA1308282 是一个围绕小鼠肠道宏基因组展开的生物项目，主题为基因组测序与组装。该项目记录于 NCBI 的 BioProject 数据库，编号为 1308282。从项目定位来看，它属于基因组测序与组装类生物项目，所涉及的数据可用于宏基因组物种组成分析、肠道微生物群落研究等方向。本站将该数据集归入心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，提示其在该疾病领域可能具有参考价值。整体而言，该数据集为研究者提供了一个集中获取小鼠肠道宏基因组相关数据资源的入口，便于后续开展微生物群落结构、功能潜力以及宿主健康关联等方面的探索。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的各类生物数据。按照源站描述，一个 BioProject 通常源自单一机构或联盟，旨在为用户提供一个统一的位置，以便查找该项目所产生的多种数据类型。PRJNA1308282 正是这样一个记录，其英文名称为“mouse gut metagenome Genome sequencing and assembly”，源站标题为“mouse gut metagenome (ID 1308282) - BioProject - NCBI”。该项目的主题标签为“Genome sequencing and assembly”，表明其核心工作围绕基因组测序与组装展开。本站将其归入心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，说明该数据集在分类体系中被认为与心血管系统疾病中的动脉粥样硬化方向存在关联。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Genome sequencing and assembly”，说明其数据内容主要涉及基因组测序与组装。项目名称中包含“mouse gut metagenome”，表明研究对象为小鼠肠道宏基因组。宏基因组通常指直接从环境样本中提取的遗传物质，因此该数据集可能包含与小鼠肠道微生物群落相关的序列数据及组装结果。源站描述仅对 BioProject 这一记录类型进行了通用说明，并未具体列出该项目的样本数量、测序平台、组装指标或数据文件清单。因此，关于数据内容的具体细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，即美国国家生物技术信息中心。项目记录标识为 PRJNA1308282，源站标题显示其属于 BioProject 数据库，编号为 1308282。源站描述指出，BioProject 记录源自单一机构或联盟，并提供指向该项目所生成各类数据的链接。然而，关于该项目的具体采集地点、样本来源、采集时间、机构名称或联盟组成等信息，源站未提供。

【适用场景】

根据侧写线索，该数据集围绕小鼠肠道宏基因组展开，属于基因组测序与组装类生物项目，可用于宏基因组物种组成分析、肠道微生物群落研究等方向。本站将其归入心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，提示其可能适用于探索肠道微生物与动脉粥样硬化等心血管疾病之间关联的研究场景。此外，由于项目涉及基因组测序与组装，也可为宏基因组组装方法、微生物基因组注释等生物信息学分析提供数据基础。但需注意，以上适用方向基于项目主题与分类信息，具体研究设计需结合源站提供的原始数据与文档。

【使用方法】

该数据集记录于 NCBI BioProject 数据库，用户可通过源站提供的链接查找该项目所生成的多种数据类型。按照源站描述，BioProject 记录为用户提供了一个统一的位置，以便获取与该项目相关的数据链接。因此，使用者可先访问该 BioProject 记录页面，再根据页面指引跳转至具体的序列数据、组装数据或其他相关资源。关于数据下载、格式转换、分析流程或软件工具的具体操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

源站描述仅对 BioProject 的通用功能进行了说明，未提供该项目的质量评估信息，例如测序深度、组装完整性、污染控制或数据验证情况。同时，该项目被本站归入心血管系统疾病 / 动脉粥样硬化分类，但源站描述中并未明确说明该分类的依据或该项目与动脉粥样硬化之间的直接实验证据。因此，在使用该数据集时，需注意其分类归属可能仅为参考性质，具体研究结论应基于原始数据与分析结果。关于数据质量与限制的详细信息，源站未提供。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1308282

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1308282

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该16S rRNA基因测序数据集描述了一个小鼠模型肠道微生物群落的特征，该模型用于研究LWDH对抗绝经后动脉粥样硬化的治疗机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别