PRJNA1337116：低发病率州球孢子菌基因组揭示美国西部复杂迁移史
临床分离株于 2023 年 1 月至 2024 年 11 月前瞻性采集自犹他州、科罗拉多州、内华达州和加利福尼亚州的患者，其中低发病率州 27 株、加利福尼亚州 22 株，测序平台为 Illumina NovaSeq（双端 150 bp）
基本信息
资源简介
PRJNA1337116：低发病率州球孢子菌基因组揭示美国西部复杂迁移史
该数据集来自 NCBI，包含对引起山谷热的两种真菌——Coccidioides immitis 与 Coccidioides posadasii 的全基因组测序数据。临床分离株于 2023 年 1 月至 2024 年 11 月前瞻性采集自犹他州、科罗拉多州、内华达州和加利福尼亚州的患者，其中低发病率州 27 株、加利福尼亚州 22 株，测序平台为 Illumina NovaSeq（双端 150 bp）。数据可用于研究球孢子菌的种群结构、迁移历史与区域传播特征（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：我们对引起山谷热的真菌病原体 Coccidioides immitis 和 Coccidioides posadasii 进行了全基因组测序，山谷热是美洲一种新发疾病。临床分离株于 2023 年 1 月至 2024 年 11 月期间前瞻性采集自犹他州、科罗拉多州、内华达州和加利福尼亚州的患者。该数据集包括来自低发病率州（犹他州、科罗拉多州、内华达州）的 27 株新测序分离株和来自加利福尼亚州的 22 株。测序在 Illumina NovaSeq 平台上进行（双端 150 bp 读长）。
【主题与分类】
主题标签：Raw sequence reads。本站分类：感染/山谷热。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1337116
下载信息
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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1337116
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们对引起谷热（美洲一种新发疾病）的真菌病原体——粗球孢子菌和波萨达斯球孢子菌——进行了全基因组测序。临床分离株于2023年1月至2024年11月期间从犹他州、科罗拉多州、内华达州和加利福尼亚州的患者中前瞻性收集。该数据集包括来自低发病率州（犹他州、科罗拉多州、内华达州）的27株新测序分离株和来自加利福尼亚州的22株。测序在Illumina NovaSeq平台上进行（双端150 bp读长）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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