基本信息

模态

基因组

创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

造血细胞移植患者粪便样本宏基因组测序数据集

PRJNA707487 是一个来自 NCBI 的宏基因组测序数据集，聚焦于接受造血细胞移植（HCT）及移植后恢复期患者的粪便样本。该数据集同时包含标准短读长宏基因组测序数据，以及基于 10X Genomics Chromium 平台制备的 linked-read 测序文库，并与一项关于 HCT 患者微生物组中病原体传播的研究相关联。数据集归类于感染 / 移植相关感染方向，主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads），可为研究移植过程中肠道微生物组组成、病原体携带与传播等问题提供原始测序数据基础。

【数据集背景】

造血细胞移植是治疗多种血液系统疾病的重要手段，移植前后患者肠道微生物组的变化与感染风险、病原体传播等问题密切相关。该数据集所关联的研究正是围绕接受造血细胞移植及移植后恢复期患者的微生物组展开，旨在通过宏基因组测序手段刻画这一人群粪便样本中的微生物群落，并服务于 HCT 患者微生物组中病原体传播的研究方向。数据集归属于感染 / 移植相关感染分类，说明其应用语境集中在移植相关感染这一临床与研究交叉领域。

【数据内容】

该数据集的内容为粪便样本的宏基因组测序数据，具体包括两类测序形式：一是标准的短读长宏基因组测序，二是利用 10X Genomics Chromium 平台制备的 linked-read 测序文库。前者是宏基因组研究中常用的测序策略，后者则通过长片段关联信息为组装和分箱等分析提供额外支持。数据以原始序列读长（Raw sequence reads）的形式提供，即未经后续加工处理的测序输出，使用者可根据自身分析流程进行质控、组装、物种注释等处理。样本类型为人类粪便，来源人群为接受造血细胞移植及处于移植后恢复期的患者。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），样本为接受造血细胞移植及移植后恢复期患者的粪便样本。源站描述提到，研究覆盖患者接受移植期间及移植后恢复阶段的微生物组。除上述样本类型、来源人群与来源站点信息外，样本采集的具体时间点、采集地点、采集流程与伦理审批等信息源站未提供。

【适用场景】

基于其数据内容与分类，该数据集适用于移植相关感染方向的研究，例如分析 HCT 患者肠道微生物组的组成与变化、考察微生物组中病原体的存在与传播、以及比较标准短读长与 linked-read 测序在宏基因组分析中的表现。原始序列读长形式也使其可作为宏基因组分析流程的输入数据，用于方法学验证或流程搭建。需要说明的是，具体研究设计与分析目标应以关联研究为准，源站未提供更细化的适用场景说明。

【使用方法】

使用者可从 NCBI 获取该数据集的原始序列读长，并按照宏基因组数据的常规处理思路开展质控、去宿主、组装、物种与功能注释等分析；对于 linked-read 文库数据，可结合其长片段关联信息用于组装改进或分箱分析。由于数据以原始读长形式提供，使用前通常需要根据研究目的选择合适的分析工具与参数。源站未提供该数据集的具体使用说明、推荐流程或配套元数据字段的详细描述。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读长，未提供经过加工的分析结果，使用者需自行完成质控与后续分析。源站描述未给出测序深度、样本数量、读长参数等具体技术指标，也未提供数据质量评估结论。此外，样本仅涉及粪便微生物组，研究结论的外推范围应结合研究设计加以判断。凡源站未提及的质量相关信息，此处不作推断。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用者在引用或再利用该数据前，应前往 NCBI 对应页面查阅相关的引用要求与数据使用政策。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA707487

访问原始数据

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA707487

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们研究了接受造血细胞移植（HCT）及移植后恢复期患者的微生物组。这些数据包括标准的短读长宏基因组测序，以及在10X Genomics Chromium平台上制备的“链接读长”测序文库。该数据集与一项关于HCT患者微生物组中病原体传播的研究相关联。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别