儿科SIRS与脓毒性休克研究者基因组学独特患者数据集

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-66099

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集由来自Hector Wong及儿科SIRS和感染性休克基因组学研究团队发布的六个其他GEO数据集中存在的独特患者组成（第1天时间点共276名）。因此，本数据集包含了GSE4607、GSE8121、GSE9692、GSE13904、GSE26378和GSE26440中的所有独特患者，且仅限于第1天时间点。原始研究检查了入住ICU的儿科患者，这些患者随后被分类为SIRS（非感染性）或脓毒症或感染性休克（感染性）。此外，还包括一组健康对照。尽管原始研究在ICU第1天和第3天对患者进行了检查，但此处我们仅汇总了ICU第1天的患者。此处所有样本均以.CEL文件形式下载，并使用R包“affy”中的gcRMA方法重新进行归一化处理。归一化后的数据可在系列记录中查找，其中包含gcRMA归一化的表达值。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。