核内cGAS通过招募HDAC1抑制刺激诱导的炎症基因转录 [ATAC-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE275622

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

环鸟苷单磷酸(GMP)-腺苷单磷酸(AMP)合成酶(cGAS)是一种胞质DNA感受器，在感染过程中识别外源DNA并激活STING-TBK1信号传导及随之产生的IFN-β应答。然而，cGAS的核内组分对基因组DNA刺激不应答，且其功能尚未被探索。本研究表明，在巨噬细胞受到急性脂多糖(LPS)刺激后，核内cGAS选择性抑制初级应答基因的转录。cGAS的转录抑制作用不依赖于上游通路，而是依赖于核小体结合。利用测序检测转座酶可及染色质(ATAC-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)发现，cGAS在转录调控中的特异性与转录因子PU.1相关，PU.1介导cGAS靶向Cxcl1和Tnf启动子。此外，cGAS的核小体结合对于其与组蛋白去乙酰化酶1(HDAC1)相互作用、通过去乙酰化Cxcl1启动子上允许性组蛋白标记H3K27ac来抑制转录至关重要。

在体内，巨噬细胞特异性敲除Hdac1会加剧LPS诱导的脓毒症，但在Cgas缺陷小鼠中则不会。最终，Csf3r敲除挽救了死亡率的增加和中性粒细胞趋化性。我们的结果为核cGAS在基因组水平上的特异性转录抑制活性提供了机制证据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。