巨噬细胞极化与内毒素耐受对沙门氏菌应答的转录组分析

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE189847

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数据说明

沙门氏菌是一种细胞内病原体，可导致显著的发病率和死亡率。其在巨噬细胞内生长的能力对毒力至关重要，并取决于巨噬细胞的活化状态。经典活化的M1巨噬细胞不允许沙门氏菌生长，而替代活化的M2巨噬细胞则允许沙门氏菌生长。本研究表明，内毒素预处理的巨噬细胞（MEP），如与脓毒症相关的巨噬细胞，在胞内感染2小时后对沙门氏菌的抵抗水平与M1巨噬细胞相似，但在4小时和24小时时间点则像M2巨噬细胞一样易感。为从机制上理解这一现象，进行了转录组测序（RNA-Seq）。结果显示，未暴露于沙门氏菌的M1和MEP巨噬细胞表现出一种此处称为预激活的过程，即表达相对较高水平的特定抗感染基因和通路，包括JAK-STAT通路。相比之下，在M2巨噬细胞中，这些基因和通路大多仅在感染后才表达。

相反，在感染应答中，M1巨噬细胞而非MEP巨噬细胞调节了其他已知与沙门氏菌感染易感性相关的基因，这可能导致了后期时间点抵抗力的差异。感染前使用JAK抑制剂Ruxolitinib降低了M1巨噬细胞的抵抗力，这支持了早期JAK-STAT信号在M1巨噬细胞抵抗沙门氏菌中的重要性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。