儿童细菌性脑膜炎外周血白细胞bulk转录组测序数据集
该数据集为儿童细菌性脑膜炎（BM）外周血白细胞（PBLs）的bulk转录组测序数据，来源于NCBI GEO（GSE163196），包含1个series matrix文件
基本信息
资源简介
儿童细菌性脑膜炎外周血白细胞bulk转录组测序数据集
GSE163196 是一个面向儿童细菌性脑膜炎研究的转录组数据集，全称为 Bulk transcriptome sequencing (bulkRNA-seq) of peripheral blood leukocytes (PBLs) in the bacterial meningitis (BM) of children，即儿童细菌性脑膜炎外周血白细胞的 bulk 转录组测序数据。该数据集由 NCBI GEO 收录，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov，在本站归入感染性疾病 / 脓毒症分类。数据集围绕脓毒症发展过程中细菌性脑膜炎进展这一研究目的，对外周血白细胞的整体转录组进行表达谱分析，数据以高通量测序方式进行表达谱刻画。数据集包含 1 个文件，样例文件为 GSE163196_series_matrix.txt.gz，作者为 Haihan、Xiao，发布时间为 Dec 14 202。整体而言，该数据集为研究儿童细菌性脑膜炎及脓毒症相关外周血白细胞转录组变化提供了可获取的公共数据资源。
【数据集背景】
细菌性脑膜炎是儿童群体中重要的感染性疾病，其发生发展常与脓毒症过程相关联。该数据集的研究目的在于对脓毒症发展过程中细菌性脑膜炎进展阶段的外周血白细胞整体转录组进行表达谱刻画（Profiling the bulk transcriptomes of PBLs in sepsis-developed BM progression）。通过 bulkRNA-seq 方式获取外周血白细胞的转录组信息，可用于观察感染与脓毒症背景下外周血白细胞基因表达的整体变化。数据集在本站被归入感染性疾病 / 脓毒症分类，与其研究主题相符。
【数据内容】
该数据集的内容为儿童细菌性脑膜炎外周血白细胞（PBLs）的 bulk 转录组测序数据，属于高通量测序平台的表达谱分析类型。数据集共包含 1 个文件，文件样例为 GSE163196_series_matrix.txt.gz，即 series matrix 格式的压缩文件。主题标签中包含 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL20795 与 9606，分别对应高通量测序表达谱分析、平台编号以及人类物种编号。数据集的具体样本数量、分组信息、基因数量及表达矩阵规模等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 NCBI GEO，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集编号为 GSE163196。数据作者为 Haihan、Xiao，发布时间为 Dec 14 202。数据以 series matrix 文件形式组织，文件名为 GSE163196_series_matrix.txt.gz。关于样本采集的具体地点、时间跨度、伦理审批及临床信息等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与儿童细菌性脑膜炎及脓毒症相关的转录组研究场景，例如对外周血白细胞整体表达谱进行观察、比较与二次分析，或作为感染性疾病 / 脓毒症方向研究的公共数据参考。由于其数据类型为 bulkRNA-seq 表达谱，可用于基因表达层面的探索性分析。具体的研究设计匹配与适用范围，源站未提供。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE163196_series_matrix.txt.gz，该文件为 GZIP 压缩包格式，需按对应格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以保证后续分析的准确性。关于具体的分析流程、标准化方法与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集仅包含 1 个 series matrix 文件，数据规模与样本构成信息有限，源站未提供样本量、分组、测序深度及质量控制指标等细节。使用时应结合自身研究目的评估其适用性。关于数据的完整性、批次效应及潜在偏倚等信息，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集的作者为 Haihan、Xiao，来源于 NCBI GEO（GSE163196），发布时间为 Dec 14 202。关于具体的引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163196
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：分析脓毒症发展过程中骨髓进展患者外周血白细胞（PBLs）的批量转录组。方法：提取骨髓患者PBLs的总RNA，构建cDNA文库。采用双端策略对mRNA谱的原始数据进行测序。通过UMI-tools、STAR、Subread软件包和Samtools的联合工作流程处理测序数据，生成基因计数。结果：成功获取了不同脓毒症状态下骨髓患者PBLs的多个批量转录组谱。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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