早期脓毒症尿液分子特征发现与验证数据集
该数据集来自 NCBI GEO,标题为早期脓毒症尿液分子特征的发现与验证,属于感染性疾病/脓毒症方向。该 SuperSeries 由若干 SubSeries 组成,可用于早期脓毒症尿液分子标志物的发现与验证研究,支撑基于表达谱的样本分类分析(来源 NCBI)

基本信息
资源简介
早期脓毒症尿液分子特征发现与验证数据集
GSE112100 是一个来自 NCBI GEO 的基因表达数据集,标题为“早期脓毒症尿液分子特征的发现与验证”(Discovery and validation of urinary molecular signature of early sepsis),归属于感染性疾病 / 脓毒症方向。该数据集以 SuperSeries 的形式组织,由若干 SubSeries 组成,围绕早期脓毒症的尿液分子标志物开展发现与验证工作,可用于基于表达谱的样本分类分析。数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE112100_series_matrix.txt.gz,作者为 Azra、Bihorac,发布时间为 2019 年 3 月 20 日,主题标签涉及表达谱芯片分析、GPL17586 平台以及物种 9606(人类)。
【数据集背景】
脓毒症是感染引发的全身性反应,早期识别对临床处置具有重要意义。该数据集聚焦于早期脓毒症的尿液分子特征,试图通过尿液样本的分子层面检测来发现可用于早期识别的标志物,并在独立样本中加以验证。数据集标题明确体现了“发现”与“验证”两个环节,说明其设计目标不止于单一队列的探索性分析,而是包含对候选分子特征的确认过程。数据集所属分类为感染性疾病 / 脓毒症,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
该数据集为 SuperSeries,源站描述指出其由下列 SubSeries 组成,具体 SubSeries 的编号与内容源站未提供。数据集文件数量为 1,文件样例为 GSE112100_series_matrix.txt.gz,即压缩后的系列矩阵文件,通常承载样本层面的表达谱数据与样本注释信息。主题标签显示其数据类型为表达谱芯片分析(Expression profiling by array),涉及平台 GPL17586,物种为 9606(人类)。数据集内具体包含多少样本、覆盖多少基因或探针、分组构成如何,源站未提供。
【采集与来源】
数据集来源于 NCBI GEO(ncbi.nlm.nih.gov),作者为 Azra、Bihorac,发布时间为 2019 年 3 月 20 日。数据以 SuperSeries 形式发布,源站描述仅说明其由若干 SubSeries 组成。样本采集的具体地点、时间跨度、纳入与排除标准、伦理审批信息以及尿液样本的处理流程,源站未提供。
【适用场景】
该数据集可用于早期脓毒症尿液分子标志物的发现与验证研究,支撑基于表达谱的样本分类分析。典型用途包括:在表达谱层面比较不同样本组之间的分子差异,筛选候选标志物;利用数据集内的验证部分评估候选特征的重复性;以及作为感染性疾病 / 脓毒症方向的方法学比较或分析流程测试数据。由于数据集以尿液分子特征为主题,其适用分析应围绕表达谱数据展开。具体可支持的临床预测模型类型与性能水平,源站未提供。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE112100_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本注释、表达值格式与分组信息无误后,再批量接入完整数据。分析时应结合平台 GPL17586 的注释信息将探针映射到基因层面。若需追溯 SubSeries 层面的原始数据与处理细节,应进一步查阅源站对应条目;各 SubSeries 的具体构成,源站未提供。
【质量与限制】
数据集为 SuperSeries 结构,源站描述仅说明其由若干 SubSeries 组成,未提供样本量、批次信息、数据标准化方法及质控指标,因此难以仅凭现有信息评估其数据质量。文件数量为 1,意味着当前可见内容主要为系列矩阵文件,原始芯片数据与处理中间文件的情况源站未提供。使用中应注意 SuperSeries 与 SubSeries 之间的层级关系,避免重复计入样本。数据集发布时间为 2019 年 3 月 20 日,后续是否有更新版本,源站未提供。
【引用与许可】
数据来源为 NCBI GEO,使用时应引用数据集标题“Discovery and validation of urinary molecular signature of early sepsis”及作者 Azra、Bihorac,并注明 GEO 登录号 GSE112100。数据的具体许可条款与使用限制,源站未提供,使用前应查阅源站条目中的相关声明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE112100
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
This SuperSeries is composed of the SubSeries listed below.
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