基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-18

资源简介

PfSIP2 在恶性疟原虫中的全基因组结合谱

GSE296868 数据集来自 NCBI，主题为恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）中 ApiAP2 型转录因子 PfSIP2 的全基因组结合谱，属于感染与寄生虫病领域。该数据集通过高通量测序对基因组结合/占据情况进行剖析，旨在提供 PfSIP2 在疟原虫基因组范围内结合位点的信息。数据集由 Igor Niederwieser 提交，发布时间为 2024 年 5 月 12 日，共包含 1 个数据文件，样例文件为 GSE296868_series_matrix.txt.gz。整体而言，该数据集面向研究疟原虫转录调控与基因表达机制的科研人员，可作为分析 PfSIP2 靶基因与结合特征的基础资源。

【数据集背景】

恶性疟原虫是疟疾的主要致病寄生虫之一，其基因表达调控机制与寄生虫的致病性、发育阶段转换及宿主适应密切相关。ApiAP2 型转录因子是疟原虫中一类重要的调控蛋白家族，参与多个发育阶段的基因表达程序。PfSIP2 即为该家族中的一个转录因子，其在基因组上的结合位置对于理解其调控网络具有关键意义。该数据集正是围绕 PfSIP2 的全基因组结合谱展开，提供相关实验数据，以支撑对 PfSIP2 靶位点及调控功能的深入研究。

【数据内容】

该数据集的核心内容是 PfSIP2 在恶性疟原虫全基因组范围内的结合/占据信息，数据类型为通过高通量测序获得的基因组结合谱。数据集包含 1 个文件，样例文件名为 GSE296868_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。主题标签涉及 Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL21298 以及 5833 等信息，反映了数据所属的技术平台与分类标识。源站描述指出，该数据集提供关于 ApiAP2 型转录因子 PfSIP2 在疟疾寄生虫恶性疟原虫中全基因组结合的信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），由 Igor Niederwieser 提交，发布时间为 2024 年 5 月 12 日。数据通过高通量测序技术对基因组结合/占据进行剖析，属于感染与寄生虫病分类下的数据资源。源站标题为“Genome-wide binding profile of PfSIP2 in Plasmodium falciparum”，与数据集英文名一致。关于具体的实验材料、测序平台细节及样本处理流程，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究恶性疟原虫转录调控机制的科研场景，尤其是针对 ApiAP2 型转录因子 PfSIP2 的靶基因鉴定、结合位点分布特征分析以及调控网络构建。研究人员可利用该数据探索 PfSIP2 在寄生虫基因组中的结合模式，结合基因表达数据推断其调控功能，或与其他转录因子的结合谱进行比较分析。此外，该数据也可用于感染与寄生虫病领域的生物信息学方法验证与整合分析。

【使用方法】

使用该数据集时，可下载数据文件 GSE296868_series_matrix.txt.gz，按 GZIP 压缩包格式进行读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认数据格式与内容无误后，再进行批量接入与分析。由于数据集仅包含 1 个文件，使用时应关注文件内的矩阵结构及注释信息，以便正确解析结合谱数据。具体的分析流程与参数设置需结合研究目的自行确定，源站未提供详细的使用指南。

【质量与限制】

该数据集仅包含 1 个文件，数据规模相对有限，可能限制其独立支撑大规模统计分析的能力。源站未提供关于数据质量评估、重复实验数量、测序深度及数据完整性等方面的详细信息。此外，关于实验方法、数据处理流程及潜在技术偏差的说明，源站亦未提供。使用者在分析时应结合其他相关数据资源进行验证，并注意数据适用范围与局限性。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Igor Niederwieser，发布时间为 2024 年 5 月 12 日，来源站为 NCBI。关于数据集的引用方式、许可协议及使用条款，源站未提供具体说明。使用者在引用或再利用该数据时，应遵循 NCBI 的相关政策与通用学术规范，并建议查阅源站页面获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296868

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE296868

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集提供了关于疟原虫（Plasmodium falciparum）中ApiAP2型转录因子PfSIP2在全基因组范围内结合情况的信息。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别