丙酮酸激酶II的NTP生成活性对恶性疟原虫质体维持至关重要

该数据集来自 NCBI GEO,标题为 GSE136688,研究恶性疟原虫质体碳代谢相关基因在血液期寄生虫存活与细胞器维持中的作用

geo
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基因组分类Expression profiling by arrayGPL271305833
GSE136688: The NTP Generating Activity of Pyruvate Kinase II is Critical for Apicoplast Maintenance in Plasmodium falciparum

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-08

资源简介

丙酮酸激酶II的NTP生成活性对恶性疟原虫质体维持至关重要

The NTP Generating Activity of Pyruvate Kinase II is Critical for Apicoplast Maintenance in Plasmodium falciparum

该数据集来自 NCBI GEO,标题为 GSE136688,研究恶性疟原虫质体碳代谢相关基因在血液期寄生虫存活与细胞器维持中的作用。通过构建质体代谢旁路株的系列基因缺失,发现质体内唯一的丙酮酸和 NTP 预测来源 PyrKII 对质体维持必需,而代谢丙酮酸的质体通路缺失并未导致质体破坏,提示 PyrKII 生成的 NTP 是关键产物。数据包含 1 个文件 GSE136688_series_matrix.txt.gz,采用表达谱芯片平台 GPL27130,可用于分析相关基因表达变化(来源 NCBI)。

【数据集背景】

源站首次发布:Aug 30 201。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):据认为,恶性疟原虫的质体依赖三碳磷酸化合物的输入,以用于细胞器合成代谢途径,此外还依赖细胞器内能量和还原力的产生。我们在一个质体代谢旁路株中构建了一系列基因缺失,以确定哪些参与质体碳代谢的基因是血液期寄生虫存活和细胞器维持所必需的。我们能够证明,丙酮酸激酶II(PyrKII)——质体内丙酮酸和NTP的唯一预测来源——对细胞器维持至关重要。然而,质体中代谢丙酮酸的通路缺失并未导致细胞器破坏,表明PyrKII生成的NTP是这一过程所需的产物。PyrKII的酶学表征显示,它对……具有活性

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 0 B。

【主题与分类】

主题标签:Expression profiling by array、GPL27130、5833。本站分类:内分泌、营养和代谢疾病。

【获取与许可】

源站页面:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE136688

【使用注意】

· 源站最后修改于 Oct 26 202,引用时请注意版本时效。

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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

据信,恶性疟原虫的质体依赖于三碳磷酸化合物的输入,以供细胞器合成代谢途径使用,此外还需在细胞器内产生能量和还原力。我们在一个质体代谢旁路株系中构建了一系列基因缺失,以确定质体碳代谢中哪些基因是血液期寄生虫存活和细胞器维持所必需的。我们能够证明,丙酮酸激酶II(PyrKII)——质体内丙酮酸和NTP的唯一预测来源——对细胞器维持至关重要。然而,质体内代谢丙酮酸的途径缺失并未导致细胞器破坏,表明PyrKII产生的NTP是该过程所需的产品。PyrKII的酶学表征显示,它对所测试的所有NDP和dNDP均具有活性,且底物特异性广泛,表明它可能能够在细胞器内生成任何及所有NTP和dNTP。

PyrKII的条件性错误定位导致质体(apicoplast)内转录水平下降,这一现象先于细胞器解体出现,提示PyrKII因其在质体内三磷酸核苷生成中的作用而为细胞器维持所必需。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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