ΔPfPRMT5疟原虫无性发育期转录组[PRMT5_RNAseq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE199366

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

目的：本研究旨在分析恶性疟原虫中蛋白质精氨酸甲基转移酶5（PRMT5）破坏后RNA剪接事件的变化。方法：本研究通过RNAseq分析了PfPRMT5基因敲除（KO）虫株及其野生型对照的转录组。使用Quick-RNA MiniPrep试剂盒（Zymo Research）从四个阶段（环状体、早期滋养体、晚期滋养体和裂殖体）（入侵后12小时、24小时、36小时和46小时）的无性期疟原虫中提取总RNA。使用KAPA链特异性RNA-seq文库制备试剂盒（Roche），以每个样本500 ng RNA制备RNA测序文库。使用Trimmomatic进行Illumina接头序列去除和reads质量修剪。仅保留长度至少为50碱基对的reads。随后使用HISAT2将reads比对到恶性疟原虫3D7株参考基因组。结果：对ΔPfPRMT5和WT虫株链特异性mRNA文库的RNAseq分析显示，超过90%的测序reads质量较高，可比对到恶性疟原虫基因组，覆盖度接近40倍。

这使我们能够分析可变剪接事件的变化（可变5’剪接位点、可变3’剪接位点、保留内含子和跳跃外显子）。在四个发育阶段，与野生型株系相比，DPfPRMT5寄生虫株系中分别有800、1056、479和1158个可变剪接事件（可变5’剪接位点、可变3’剪接位点、保留内含子和跳跃外显子）发生了改变（未发表数据）。结论：综上所述，该RNAseq为分析ΔPfPRMT5寄生虫中异常RNA剪接事件提供了数据集。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。