恶性疟原虫3D7株高分辨率时间进程转录组RNA-seq

资源简介

恶性疟原虫3D7株高分辨率时间进程转录组RNA-seq

GSE150484 是一个针对恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）3D7 株的高分辨率时间进程转录组数据集，通过 RNA-seq 技术生成。该数据集在完整的红细胞内发育周期（Intraerythrocytic Developmental Cycle）中，每隔 2 小时采集一次 RNA 样本，从而构建覆盖整个发育过程的转录表达谱。数据来源于 NCBI GEO 数据库，本站将其归类于感染 / 寄生虫病方向，共包含 1 个数据文件 GSE150484_series_matrix.txt.gz。该数据集可用于研究疟原虫在宿主红细胞内发育过程中基因表达的时序变化规律。

【数据集背景】

恶性疟原虫是引起疟疾的主要病原体之一，其生命周期包括在人体红细胞内的发育阶段。理解该寄生虫在红细胞内发育周期中的基因表达动态，对于揭示其致病机制、代谢调控以及潜在药物靶点具有重要意义。传统转录组研究往往采样间隔较粗，难以捕捉发育周期中快速变化的表达事件。GSE150484 通过提高采样密度，构建了高分辨率的时间进程转录组，为精细刻画恶性疟原虫 3D7 株在红细胞内发育全过程的转录动态提供了数据基础。

【数据内容】

该数据集的核心内容是恶性疟原虫 3D7 株在完整红细胞内发育周期中的时间进程转录组表达谱。样本采集以 2 小时为间隔，覆盖整个红细胞内发育周期，通过 RNA-seq 产生表达数据。数据集以 series matrix 文件形式组织，文件名为 GSE150484_series_matrix.txt.gz，采用 GZIP 压缩格式。主题标签涉及高通量测序表达谱分析，并关联平台编号 GPL27825 以及编号 5833。数据集整体规模为 1 个文件，属于以表达矩阵为核心的转录组数据组织方式。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI GEO 数据库（ncbi.nlm.nih.gov），源站标题为“High resolution time course transcriptome of Plasmodium falciparum parasite 3D7 strain by RNA-seq”。数据由 Grennady、Wirjanata 等人提交，发布时间为 May 13 202（源站记录如此显示）。样本采集策略是在恶性疟原虫 3D7 株的完整红细胞内发育周期中，每 2 小时收集一次 RNA 样本，随后通过 RNA-seq 进行转录组测序。本站将其归入感染 / 寄生虫病分类，便于相关领域研究者检索和使用。

【适用场景】

该数据集适用于疟原虫生物学与感染性疾病研究中的多种分析场景。例如，可用于研究恶性疟原虫在红细胞内发育周期中各时间点的基因表达变化，识别阶段性表达基因；可用于构建发育时序的表达轨迹，分析基因表达随发育进程的动态模式；也可作为转录组分析流程的输入数据，用于差异表达、聚类分析或时间序列建模等通用分析任务。此外，对于关注寄生虫病感染机制的研究者，该数据集可作为恶性疟原虫转录调控研究的参考数据资源。

【使用方法】

使用该数据集时，首先下载数据文件 GSE150484_series_matrix.txt.gz。该文件为 GZIP 压缩包，需按相应格式解压和读取。建议先在小样本上核对字段结构与编码方式，确认数据读取无误后，再进行批量接入和后续分析。由于数据集以表达矩阵形式组织，使用者可依据矩阵中的样本信息与表达值开展时间序列相关的转录组分析。具体分析流程应结合研究目的选择，源站未提供针对该数据集的标准分析流程说明。

【质量与限制】

该数据集为 RNA-seq 产生的高分辨率时间进程转录组，采样间隔为 2 小时，覆盖完整红细胞内发育周期。数据集仅包含 1 个 series matrix 文件，未提供其他配套文件信息。关于测序深度、重复样本数量、数据过滤标准以及质控指标等细节，源站未提供。使用者在使用前应自行评估数据质量，并结合具体分析需求判断其适用性。此外，该数据集仅涉及 3D7 株，源站未提供其他虫株的对比数据。

【引用与许可】

该数据集的作者为 Grennady 和 Wirjanata，来源站为 NCBI GEO，编号 GSE150484。关于该数据集的具体引用方式、发表文献以及使用许可条款，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据时，应遵循 NCBI GEO 数据库的相关政策，并建议查阅源站记录以获取最新的引用与许可信息。