数据集:ace-1 位点在所有抗性冈比亚按蚊中扩增:同质与异质重复的适合度后果

该数据集来自 Dryad,对应一项关于冈比亚按蚊 ace-1 位点基因拷贝数变异与适合度后果的研究。ace-1 编码有机磷和氨基甲酸酯类杀虫剂的靶标,在自然种群中广泛存在拷贝数变异

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基因组回归Anopheles gambiaegene-dosagegene duplicationsnatural populationsinsecticide resistance
Data from: The ace-1 locus is amplified in all resistant Anopheles gambiae mosquitoes: fitness consequences of homogeneous and heterogeneous duplications.

基本信息

模态
基因组
大小
0.000095841 GB
任务类型
回归
许可
Creative Commons Zero v1.0 Universal
创建/更新时间
2026-10-17

资源简介

数据集:ace-1 位点在所有抗性冈比亚按蚊中扩增:同质与异质重复的适合度后果

Data from: The ace-1 locus is amplified in all resistant Anopheles gambiae mosquitoes: fitness consequences of homogeneous and heterogeneous duplications.

该数据集来自 Dryad,对应一项关于冈比亚按蚊 ace-1 位点基因拷贝数变异与适合度后果的研究。ace-1 编码有机磷和氨基甲酸酯类杀虫剂的靶标,在自然种群中广泛存在拷贝数变异。研究采用从基因组到表型水平的整合方法,考察重复结构和基因剂量对蚊虫适合度的影响,发现异质重复(一个敏感拷贝和一个抗性拷贝)与同质重复(相同抗性拷贝)均在野外种群中分离。数据可用于研究杀虫剂抗性演化、基因重复的适合度代价及疟疾媒介防控相关分析(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。

【数据集背景】

源站首次发布:2017。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):基因拷贝数变异在自然种群中普遍存在,但研究其表型后果需要处于选择压力下的当代重复。此类重复已在冈比亚按蚊(主要疟疾媒介)的 ace-1 位点(编码有机磷和氨基甲酸酯类杀虫剂靶标)中被发现;近期研究揭示了其引人注目的复杂性,与涉及不同数量和类型(对杀虫剂敏感或抗性)的拷贝相一致。我们采用从基因组到表型水平的整合方法,研究重复结构和基因剂量对蚊虫适合度的影响。我们发现,异质重复(即一个敏感和一个抗性 ace-1 拷贝)和同质重复(即相同的抗性拷贝)均在野外种群中分离。同质重复中的拷贝数

【主题与分类】

主题标签:Anopheles gambiae、gene-dosage、gene duplications、natural populations、insecticide resistance。本站分类:感染/寄生虫病。

【获取与许可】

源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.4f7qg

使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。

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源站:https://doi.org/10.5061/dryad.4f7qg

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 95.8 KB。

数据说明

基因拷贝数变异在自然种群中普遍存在,但要研究其表型后果,则需要处于选择压力下的当代重复。在冈比亚按蚊(主要疟疾传播媒介)中,已在ace-1位点(编码有机磷和氨基甲酸酯类杀虫剂靶标)发现了此类重复;近期研究揭示了其引人注目的复杂性,这与涉及数量不等、类型各异(对杀虫剂敏感或抗性)的拷贝相一致。我们采用从基因组到表型层面的整合方法,研究了重复结构和基因剂量对蚊虫适合度的影响。我们发现,异质性重复(即一个敏感和一个抗性ace-1拷贝)和同质性重复(即相同的抗性拷贝)均在野外种群中分离存在。同质性重复中的拷贝数可变,且与乙酰胆碱酯酶活性和抗性水平呈正相关。确定重复区域的基因组结构显示,在两种类型的重复中,ace-1和其他11个基因形成了串联的203kb扩增子。

我们开发了一种用于检测重复的诊断测试,结果显示,在所分析的全部173只抗性蚊子(采集自几个非洲国家的野外)中,ace-1均发生扩增,表现为异质或同质重复。每种类型都与不同的适应度权衡相关:异质重复赋予中间表型(较低的抗性和适应度代价),而同质重复则倾向于以复杂的方式同时提高抗性和适应度代价。因此,所选择的重复类型似乎取决于选择压力的强度和分布。通过基因重复可获得的多方面权衡凸显了大规模突变事件在适应环境变化中的重要性。这种惊人的适应能力可能对病媒控制产生重大影响。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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