四大洲间日疟原虫多样性与种群结构数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.72kd2

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数据集大小约 89.9 KB。

数据说明

间日疟原虫是地理分布最广的人类疟疾寄生虫。为分析不同传播强度国家的微卫星多样性和种群结构模式，我们生成或汇编了来自四大洲1999-2008年间收集的841个分离株的11个微卫星标记的基因分型数据。东南亚的多样性最高（平均等位基因丰富度10.0-12.8），南太平洋地区居中（8.1-9.9），马达加斯加和苏丹次之（7.9-8.4），南美洲和中亚最低（5.5-7.2）。仅使用3个标记的简化组合就足以识别南太平洋、非洲和东南亚种群中约90%的单倍型，但在拉丁美洲种群中仅能识别60-80%，这表明根据地方性流行程度，2-6个标记的分型足以用于流行病学研究。聚类分析显示秘鲁和巴西存在明显的聚类，但在非洲、东南亚或南太平洋内部观察到很少的亚结构。来自乌兹别克斯坦的分离株较为特殊，观察到一个近乎克隆的寄生虫种群，与其他所有种群明显分离（FST>0.2）。

在中亚以外地区，南美种群与其他所有种群之间的FST值最高（0.11–0.16），而东南亚与南太平洋种群之间的FST值最低（0.04–0.07）。这些来自四大洲的间日疟原虫种群比较表明，不仅传播强度，地理隔离也影响多样性和种群结构。然而，有效种群规模大导致这些参数变化缓慢。在评估控制项目对寄生虫种群遗传结构的影响时，必须考虑到这种持续性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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