Leishmania naiffi与Leishmania guyanensis参考基因组数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.4bm23

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数据集大小约 62.2 MB。

数据说明

单细胞原生动物寄生虫利什曼原虫引起被忽视的热带病利什曼病，影响98个国家的1200万人。在南美洲，Viannia亚属占主导地位，迄今为止只有L. (Viannia) braziliensis和L. (V.) panamensis被测序、组装和注释为参考基因组。解决分子信息的这一不足可以为物种分型、流行病学监测和临床治疗提供信息。在此，对L. (V.) naiffi和L. (V.) guyanensis基因组DNA进行测序，以从短序列读取中组装这两个基因组作为草案参考。所用方法通过使用L. braziliensis M2904的短序列读取与其已发表的参考进行比较来测试。该组装和注释流程识别出70个未在原始M2904参考上注释的额外基因。L. guyanensis和L. naiffi与另外十个Viannia基因组的系统发育和进化比较揭示了所有Viannia共有的四个特征：非整倍性、在其他利什曼原虫亚属中缺失的22个直系同源基因组、升高的TATE转座子拷贝数，以及高NADH依赖性富马酸还原酶基因拷贝数。

在Viannia亚属内，针对个别物种的基因组结构变化有限：除L. lainsoni外，所有物种均在34号染色体上存在45 Kb的扩增；L. naiffi的毒力因子利什曼溶素拷贝数较高；实验室分离株L. shawi M8408可能含有一个源自34号染色体3’端的小染色体。通过基因组组装、系统发育分析以及对广泛多样的Viannia样本进行的比较分析，这一综合研究揭示了关于该亚属起源与进化的新见解，并有助于改进利什曼病监测的诊断方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。