Anopheles nili 组疟疾媒介适应性分化与物种形成的基因组数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.5d5b3

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数据集大小约 4.86 GB。

数据说明

非洲大多数疟疾病媒正在进行的物种形成导致了隐秘种群的出现，这些种群在行为、生态及传播疟原虫的能力上差异显著。了解蚊虫的种群结构及遗传分化的驱动因素对于有效控制疾病至关重要，因为物种内部的异质性会导致疟疾病例的变异性，并使部分病媒种群能够逃避控制措施。为了探究种群结构及近期大规模控制干预措施的潜在影响，我们研究了属于Anopheles nili群的蚊虫的基因组分化模式——这是一个大约300万年前分化的大型分类群。利用4343个单核苷酸多态性（SNPs），我们检测到了强烈的种群结构，其特征是在中非雨林内适应不同栖息地的多个分化种群之间存在高FST值。由于形态学、核糖体DNA与SNP标记之间的不一致，与不完全谱系分选和/或种间基因流相符，界定Anopheles nili群内的隐秘种颇具挑战。

在推定物种的基因组中，极高比例的位点是固定的（FST = 1），这表明生态和/或生殖隔离是由对大量基因的强选择所维持的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。