H1N1感染MoDC经ssON和/或Poly I:C刺激的RNA-seq

该数据集来自EBI Expression Atlas的差异表达实验,物种为Homo sapiens,采用RNA-seq技术检测H1N1感染的单核细胞衍生树突状细胞(MoDC)在单链寡核苷酸(ssON)和/或Poly I:C刺激下的转录组变化

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基因组分类Differential
E-MTAB-7803: RNA-seq of H1N1 infected monocyte-derived dendritic cells (MoDC), stimulated with single-stranded oligonucleotides (ssON) and/or Poly I:C.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-18

资源简介

H1N1感染MoDC经ssON和/或Poly I:C刺激的RNA-seq

E-MTAB-7803 是收录于 EBI Expression Atlas 的一项差异表达实验数据集,物种为 Homo sapiens(人类)。该实验采用 RNA-seq 技术,研究对象为 H1N1 感染的单核细胞衍生树突状细胞(monocyte-derived dendritic cells,MoDC),并在此基础上施加单链寡核苷酸(single-stranded oligonucleotides,ssON)和/或 Poly I:C 刺激,以检测不同处理条件下细胞的转录组变化。数据集在站内归入“感染 / 流感”分类,主题标签为“Differential”,表明其核心价值在于呈现组间差异表达结果,适合关注流感病毒感染与树突状细胞免疫应答方向的研究者参考使用。

【数据集背景】

单核细胞衍生树突状细胞是连接固有免疫与适应性免疫的重要细胞类型,在病毒感染早期识别与免疫激活中扮演关键角色。流感病毒 H1N1 感染此类细胞后,会引发一系列转录层面的重编程。与此同时,单链寡核苷酸与 Poly I:C 作为常见的核酸类刺激物,常被用于模拟或干预核酸感知通路相关的免疫激活过程。该数据集正是在这一研究背景下,将 H1N1 感染与 ssON、Poly I:C 刺激进行组合,通过 RNA-seq 观察转录组层面的差异表达,为理解病毒感染与核酸刺激叠加条件下的细胞应答提供数据基础。

【数据内容】

该数据集属于差异表达实验类型,核心数据为 RNA-seq 产生的转录组表达信息及其差异分析结果。实验涉及的处理因素包括 H1N1 感染,以及 ssON 和/或 Poly I:C 的刺激,因而数据内容覆盖了不同处理组合下 MoDC 的基因表达谱比较。数据集的主题标签为“Differential”,说明其组织方式以组间差异表达为核心,而非单纯的表达谱展示。关于具体样本数量、测序深度、差异基因数目等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于 ebi.ac.uk,是 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录,编号为 E-MTAB-7803。实验物种为 Homo sapiens,实验材料为单核细胞衍生树突状细胞,检测手段为 RNA-seq。源站对该实验的描述与数据集英文名称一致,均指向 H1N1 感染 MoDC 在 ssON 和/或 Poly I:C 刺激条件下的 RNA-seq 研究。关于样本采集地点、时间、伦理审批信息及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于流感病毒感染相关的免疫转录组研究,尤其是围绕树突状细胞应答、核酸刺激(ssON、Poly I:C)与病毒感染联合作用的研究场景。研究者可将其用于差异表达结果的参考比对、候选基因筛选的辅助验证,或作为同类 RNA-seq 实验设计时的参照。由于数据以差异表达为主题,也适合用于教学方法或分析流程演示中展示感染与刺激因素下的转录组比较思路。关于更具体的适用分析类型,源站未提供。

【使用方法】

使用时应以 EBI Expression Atlas 中该实验的差异表达结果为核心,结合实验设计中的感染与刺激因素进行分组理解。由于数据集标注为差异表达实验,分析时可重点关注不同处理组合之间的表达变化比较。关于数据下载格式、分析软件、参数设置及具体操作步骤,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 EBI Expression Atlas,具备明确的实验编号与实验描述,物种与检测技术信息清晰。其限制在于:当前可获取的信息以差异表达实验的概要描述为主,样本规模、测序质量指标、统计方法及重复设置等细节源站未提供,因此在未获取原始数据与完整实验记录前,不宜对其统计效力与结论稳健性作出判断。此外,数据仅涉及 Homo sapiens 的 MoDC 体系,向其他物种或细胞类型的推广需谨慎。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。使用者在引用或再利用数据前,应自行查阅 EBI Expression Atlas 对应实验页面的相关说明。

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使用方式

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源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-7803

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of H1N1 infected monocyte-derived dendritic cells (MoDC), stimulated with single-stranded oligonucleotides (ssON) and/or Poly I:C.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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