Reservoir流行病模拟数据集
大规模模拟流行病数据集，包含50万暴发轨迹，用于流行病学模型训练与评估。
基本信息
资源简介
Reservoir是由密歇根大学创建的大规模模拟流行病数据集，旨在为流行病学模型的训练和评估提供标准化数据。该数据集包含500,000个暴发轨迹，覆盖十亿模拟天，提供了真实感染数、时变再生数、反事实干预效果等完整标签。数据通过随机模拟器生成，包含真实噪声和报告伪影，并支持可配置的干预策略。该数据集主要用于反事实实验、监测系统设计研究以及大规模流行病模型训练，以解决真实世界数据规模不足的问题。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
git clone https://github.com/micom-hub/Reservoir.git
curl -L -o repo.zip https://github.com/micom-hub/Reservoir/archive/refs/heads/main.zip
unzip repo.zip
源站 README 摘录（使用方式）
Installation
Reservoir contains C++ that has to be compiled on your machine, so you need a compiler:
| OS | what to run |
|---|---|
| macOS | xcode-select install in Terminal |
| Windows | install Rtools from CRAN, matching your R version |
| Linux | sudo apt install r-base-dev |
Downloading Reservoir through Github
There are 2 ways to download Reservoir.
In R:
install.packages("remotes")
remotes::install_github("micom-hub/Reservoir")
You can also directly download Reservoir-main as a ZIP from GitHub (green Code button to Download ZIP) and unzip it. That folder is the package.
Then in R:
install.packages("Rcpp")
install.packages(path.expand("~/Downloads/Reservoir-main"),
repos = NULL, type = "source")
Restart R
Session: Restart R (Ctrl/Cmd+Shift+F10) or go to the session tab at the top and select Restart R.
Load Library
In R:
library(Reservoir)
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© 2025 The Regents of the University of Michigan and Carson Dudley, Reiden Magdaleno, and Marisa Eisenberg.
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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