基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌长读长测序数据集2

PRJNA801416 数据集（Long-read Sequencing of Carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) Dataset 2）收录的是产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌（CPE）的长读长测序原始序列读取数据。该数据来自一项回顾性队列研究，研究对象覆盖新加坡所有多学科政府医院，时间跨度为 4.7 年，研究目的是考察 CPE 在该范围内的传播动态。数据集在分类上归属于感染 / 感染性疾病方向，主题标签为原始序列读取（Raw sequence reads），来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，这是一份以长读长测序技术产出的 CPE 基因组原始数据集合，可为耐药菌传播与基因组特征相关研究提供序列层面的基础材料。

【数据集背景】

产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌（CPE）是临床感染防控中受到重点关注的对象。该数据集所依托的研究是一项回顾性队列研究，旨在考察 CPE 在新加坡所有多学科政府医院之间的传播动态，观察时间跨度达 4.7 年。研究采用全基因组测序策略，并在此基础上产出长读长测序数据，形成本数据集。数据集名称中的“Dataset 2”表明其为该测序工作下的一个数据子集，与同一项目中的其他数据部分相区分。

【数据内容】

数据集的内容为 CPE 的长读长测序原始序列读取数据，主题标签为“Raw sequence reads”，即未经组装或注释的原始读段。数据对应的是产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌的基因组测序产物，属于全基因组测序范畴。除上述内容外，关于样本数量、测序平台、读长分布、文件格式与数据体量等具体信息，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。数据所对应的样本采集背景为新加坡所有多学科政府医院的 CPE 分离株，属于跨机构、多中心的回顾性队列研究设计，覆盖时间长度为 4.7 年。该设计使数据在机构与时间维度上具有一定的覆盖面，可用于观察 CPE 在多家政府医院范围内的传播情况。关于具体的采样时间点、纳入排除标准、菌株鉴定与碳青霉烯酶确认方法等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其内容与来源特征，该数据集适用于 CPE 基因组相关的研究场景，例如基于长读长原始读段的基因组组装、耐药基因与可移动遗传元件的结构解析，以及结合研究背景开展的传播动态分析。由于数据来自多学科政府医院的回顾性队列，也可用于跨机构层面的比较性研究。需要说明的是，上述适用方向依据数据的内容类型与研究背景提出，具体分析目标是否可行仍取决于数据本身的质量与配套元数据，相关细节源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时，通常以原始序列读取数据为起点，先进行读段质量控制与过滤，再开展组装、注释及下游的基因组比较或传播分析。由于是长读长数据，分析流程中可采用面向长读段数据的组装与纠错工具。数据经由 ncbi.nlm.nih.gov 获取，具体下载方式、访问编号体系与文件组织方式，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读取数据，未经过组装或注释，使用前需要自行完成质量控制与后续处理。其研究设计为回顾性队列，覆盖新加坡所有多学科政府医院、时间跨度 4.7 年，这一范围构成了数据的背景边界。关于测序深度、数据完整性、污染情况、样本代表性等质量指标，以及数据在推断上的具体局限，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，使用时应遵循来源站点的数据使用与引用规范。关于具体的引用文献、作者信息、许可条款与使用限制，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA801416

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA801416

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Whole Genome Sequencing of Carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE): A retrospective cohort study to examine CPE transmission dynamics across all multi-disciplinary government hospitals in Singapore over 4.7 years.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别