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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

流产布鲁氏菌delta bab1_1186 (EipB) Tn-seq数据

PRJNA510139 数据集来自 NCBI，属于感染与感染性疾病分类，主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads）。该数据集对应流产布鲁氏菌（Brucella abortus）bab1_1186（eipB）基因缺失株的 Tn-seq 测序数据。研究目标是确定在缺失 eipB 基因的流产布鲁氏菌菌株中，哪些基因无法被 Tn-Himar 转座子插入破坏；将本数据集与野生型流产布鲁氏菌的 Tn-seq 数据集比较，可识别与 eipB 基因存在合成致死关系的基因。细菌在体外复合培养基中培养，并使用 Wetmore 等（2015；doi: 10.1128/mBio.00306-15）描述的条形码转座子系统进行突变。数据包含带条形码的转座子末端序列，并揭示转座子与流产布鲁氏菌染色体之间的连接处。

【数据集背景】

本研究的核心问题是转座子插入突变与基因缺失之间的遗传互作。流产布鲁氏菌是引起布鲁氏菌病的病原体，eipB（bab1_1186）是本研究关注的基因。研究者构建了缺失 eipB 的流产布鲁氏菌菌株，并对其开展转座子突变测序，目的是找出在该缺失背景下不能被 Tn-Himar 转座子插入破坏的基因集合。通过与野生型菌株的 Tn-seq 数据比较，可以推断哪些基因与 eipB 同时失活时会导致细菌无法存活，即合成致死关系。这一设计将转座子插入的全局筛选与特定基因缺失背景结合起来，用于解析基因间的功能依赖。

【数据内容】

数据为原始测序读段，主题标签为 Raw sequence reads。测序对象是转座子插入位点附近的序列：数据包含转座子末端及其条形码，并覆盖转座子与流产布鲁氏菌染色体之间的连接序列。条形码用于区分不同突变体，转座子末端与染色体连接处则用于定位插入位点。数据不包含经过比对、注释或统计汇总后的基因水平结果，源站未提供此类加工数据。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验材料为缺失 bab1_1186（eipB）基因的流产布鲁氏菌菌株。细菌在体外复合培养基中无菌培养，随后使用条形码 Tn 系统进行转座子突变；该系统参考 Wetmore 等 2015 年发表的方法（doi: 10.1128/mBio.00306-15）。转座子类型为 Tn-Himar。源站未提供培养温度、培养基具体配方、突变时间、测序平台和测序读长等信息。

【适用场景】

该数据集适用于研究流产布鲁氏菌在特定基因缺失背景下的转座子插入偏好与基因必需性，尤其用于识别与 eipB 合成致死的候选基因。也可用于方法学层面参考条形码 Tn-seq 在胞内病原体体外培养条件下的应用。由于数据为原始读段，适合具备转座子测序分析流程的研究者进行插入位点定位、条形码计数和与野生型数据集的比较分析。源站未提供该数据集在其他物种或临床样本中的直接应用说明。

【使用方法】

使用该数据集通常需要先从原始读段中识别转座子末端序列和条形码，再将转座子与染色体连接处比对到流产布鲁氏菌参考基因组，以确定插入位点并统计各突变体的丰度。随后可将本数据集与野生型流产布鲁氏菌的 Tn-seq 数据集比较，寻找在 eipB 缺失株中显著缺失或无法获得的插入基因。源站未提供具体的分析软件、参数、参考基因组版本和条形码提取流程。

【质量与限制】

源站未提供测序深度、读段质量评分、重复数、突变体文库复杂度等质量指标。数据为单一基因缺失株的体外培养 Tn-seq 数据，源站未提供体内感染模型或临床样本数据。由于仅覆盖转座子末端和连接处序列，数据不适合直接用于全基因组变异检测或表达量分析。合成致死推断依赖于与野生型数据集的比较，源站未提供该比较的具体统计方法和阈值。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的直接文献引用信息、作者列表和许可条款。使用时应遵循 NCBI 平台的相关数据使用政策，并引用源站提供的数据集登录号 PRJNA510139。源站未提供其他许可或使用限制说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA510139

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA510139

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目的是在缺失基因bab1_1186（eipB）的流产布鲁氏菌菌株中，确定一组无法被Tn-Himar转座子打断的基因。将该数据集与野生型流产布鲁氏菌的Tn-seq数据集进行比较，可鉴定出与基因eipB存在合成致死关系的基因。细胞在复合培养基中无菌培养，并使用Wetmore等人（2015年；doi: 10.1128/mBio.00306-15）描述的条形码Tn系统进行诱变。数据包含带有条形码的转座子末端，并揭示了转座子与流产布鲁氏菌染色体之间的连接点。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别