基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1537004：尼日利亚跨境牛系统中抗菌药物耐药性的耐药组特征与生态驱动因素

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 1537004，英文名称为“PRJNA1537004: Resistome characterization and ecological drivers of antimicrobial resistance in transboundary cattle systems in Nigeria”。从名称可以看出，该项目聚焦尼日利亚跨境牛系统中抗菌药物耐药性的耐药组特征及其生态驱动因素。其主题标签为“Raw sequence reads”，说明项目涉及原始序列读长数据。本站将该数据集归类于“感染 / 感染性疾病”方向。BioProject 作为生物数据集合，通常围绕某一项研究计划组织，由单一机构或联合体发起，并为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集即通过 NCBI BioProject 平台发布，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1537004 - BioProject - NCBI”。

【数据集背景】

该数据集所属项目关注尼日利亚跨境牛系统中抗菌药物耐药性的耐药组特征与生态驱动因素。跨境牛系统涉及牛群在不同区域间的移动，可能对抗菌药物耐药性的产生、传播和生态分布产生影响。项目以耐药组为研究对象，旨在从序列数据层面刻画相关耐药特征，并探索其生态驱动因素。本站将其归入“感染 / 感染性疾病”分类，表明该数据与感染性疾病领域中的抗菌药物耐药性问题相关。源站未提供该项目更具体的立项背景、研究机构、资助信息或研究假设。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据内容以原始序列读长为主。原始序列读长通常来自高通量测序，可用于后续的耐药基因鉴定、耐药组组成分析以及相关生态学分析。项目名称中提及“耐药组特征”，说明数据可能围绕抗菌药物耐药相关基因或元件展开；同时提及“生态驱动因素”，说明数据可能用于探讨环境、宿主或管理因素与耐药组之间的关系。源站未提供样本数量、测序平台、读长长度、数据量、文件格式、耐药基因种类或具体分析结果等信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1537004 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录通常由单一组织或联合体发起，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据，并提供链接以访问该项目产生的多种数据类型。该项目的英文名称显示其研究对象为尼日利亚跨境牛系统。源站未提供具体采样地点、采样时间、牛群数量、样本类型、采集方法或项目承担机构等信息。

【适用场景】

该数据集适用于与抗菌药物耐药性、耐药组和跨境牛系统相关的分析场景。例如，研究人员可利用原始序列读长开展耐药基因筛查、耐药组组成比较或生态驱动因素探索。由于本站分类为“感染 / 感染性疾病”，该数据也可用于感染性疾病领域中对耐药性传播和生态因素的研究。此外，BioProject 作为数据集合入口，适合需要查找同一项目下多种数据类型的用户。源站未提供该数据集的具体适用分析流程、推荐工具或预期应用案例。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 平台访问编号 1537004 的项目记录，并依据该记录查找与项目相关的数据链接。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用者可能需要下载原始序列读长数据，并按照常规测序数据分析流程进行质量控制、比对、耐药基因注释或耐药组分析。源站未提供具体下载方式、数据访问权限、分析软件、参数设置或操作步骤。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公开数据库中的项目记录。源站未提供关于数据质量、测序深度、覆盖度、重复性、污染控制或验证结果的具体信息。由于仅能依据现有信息描述，无法判断样本代表性、数据完整性或分析结论的可靠性。此外，项目名称涉及尼日利亚跨境牛系统，但源站未提供采样范围、时间跨度或跨境流动的具体定义，因此在外推结论时需谨慎。源站未提供该数据集的明确限制说明。

【引用与许可】

源站未提供该数据集的引用格式、许可协议、使用条款或版权信息。用户在使用该数据集时，应参考 NCBI BioProject 页面及相关数据记录中可能提供的引用和许可要求。源站未提供具体引用文献或授权细节。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1537004

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1537004

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究调查了尼日利亚北部跨境牛只生产与贸易系统中的抗菌素耐药性（AMR）。采用宏基因组测序技术，对来自索科托、卡诺和阿达马瓦三个州的农场、牲畜市场和屠宰场的牛只样本中的抗菌素耐药基因（ARGs）、微生物群落组成及质粒相关的耐药决定因子进行了特征分析。该数据集为理解西非相互关联的牲畜系统中AMR的生态学及传播潜力提供了基因组资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别