基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

rffM缺陷型携带tet(X4)大肠杆菌替加环素胁迫下的转录组分析

本数据集为 NCBI BioProject 数据库收录的一项转录组研究项目，英文名称为“PRJNA1533120: Transcriptomic profiling of rffM-deficient tet(X4)-carrying Escherichia coli under tigecycline stress”。该项目聚焦于一种特定基因背景的大肠杆菌——rffM 缺陷型且携带 tet(X4) 耐药基因的菌株，在替加环素胁迫条件下开展转录组水平的分析。研究产生的数据以原始序列读段为主要形式，属于感染与感染性疾病相关领域。BioProject 作为生物数据的集合记录，将围绕同一研究目标产生的多种数据类型汇聚于一处，便于用户集中检索和获取。该数据集为理解该菌株在抗生素压力下的基因表达变化提供了原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集所属的 BioProject 由单一机构或联合体发起，围绕一项具体研究计划组织生物数据。BioProject 记录的核心作用是为用户提供一个统一入口，用以发现该项目所产生的各类数据。本项目的科学背景涉及大肠杆菌的耐药与胁迫响应研究，具体对象为 rffM 缺陷型且携带 tet(X4) 的菌株，处理条件为替加环素胁迫。替加环素是一种抗菌药物，tet(X4) 则是一种可介导对该类药物耐药的基因，而 rffM 缺陷可能影响细菌表面结构或生理状态，三者结合构成了本研究关注的生物学问题。本站将该数据集归类于感染／感染性疾病方向，反映了其在病原微生物与抗感染研究中的潜在相关性。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。这意味着数据的主体是测序仪直接产出的短序列读取，而非经过比对、定量或注释后的加工结果。数据围绕 rffM 缺陷型且携带 tet(X4) 的大肠杆菌在替加环素胁迫条件下的转录组分析展开，包含该研究产生的原始序列读段。转录组分析通常旨在捕获特定条件下细胞转录本的种类与丰度，因此这些原始读段可用于后续的基因表达分析。除原始序列读段这一主题标签外，源站未提供更细的数据文件清单、样本数量、测序平台或读长等信息。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1533120 - BioProject - NCBI”。BioProject 记录本身由单一组织或联合体发起，用于汇集与某一研究计划相关的生物数据。该项目的具体实验设计、样本采集地点、采集时间、菌株来源及测序机构等细节，源站未提供。用户可通过 BioProject 编号 PRJNA1533120 在 NCBI 平台上定位该项目并获取其关联数据。

【适用场景】

该数据集适用于微生物转录组学、细菌耐药机制以及抗感染研究等相关方向。具体而言，研究人员可利用这些原始序列读段分析 rffM 缺陷型且携带 tet(X4) 的大肠杆菌在替加环素胁迫下的基因表达谱变化，探索 rffM 缺陷与 tet(X4) 介导的耐药表型之间可能存在的转录层面关联。此外，该数据也可作为同类研究的数据资源，用于方法学比较、数据整合分析或作为对照参考。由于数据以原始读段形式提供，其适用性取决于使用者自行完成质控、比对和定量等下游处理步骤的能力与需求。

【使用方法】

使用者需首先通过 NCBI BioProject 数据库检索编号 PRJNA1533120，进入项目页面后查找与该 BioProject 关联的数据链接。由于主题标签为原始序列读段，通常需要将读段文件下载至本地或高性能计算环境，随后进行质量控制、去除接头与低质量碱基、比对至参考基因组或转录组、统计基因或转录本表达量等标准转录组分析流程。具体分析工具与参数需根据研究目的自行选择。源站未提供针对该数据集的使用指南、推荐流程或配套脚本。

【质量与限制】

该数据集以 BioProject 形式组织，其记录本身是数据链接的集合，而非经过统一质控的成品数据。原始序列读段的质量取决于原始测序实验，使用者需自行评估碱基质量、污染水平及覆盖度等指标。源站未提供关于样本重复数、测序深度、批次效应或数据完整性等方面的具体说明。此外，该数据集仅包含原始序列读段这一类型的数据，不包含已加工的表达矩阵或差异分析结果，因此不适用于直接获取结论性表达数据。使用者应注意，基于该数据得出的任何分析结论均需结合实验验证。

【引用与许可】

该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 的通用规范，建议在出版物中标注 BioProject 编号 PRJNA1533120 及源站标题“ID 1533120 - BioProject - NCBI”。关于数据的具体使用许可、版权归属及是否允许再分发等条款，源站未提供明确说明。使用者应查阅 NCBI 网站上的相关政策和该项目页面所附的许可信息，以确认合规的使用方式。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1533120

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1533120

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究在替加环素压力下，携带tet(X4)的大肠杆菌中rffM缺失相关的转录反应。通过RNA测序比较亲本株和rffM缺陷株的转录组谱，并表征与包膜稳态和细胞代谢改变相关的基因表达变化。该数据集旨在探究rffM破坏调节替加环素生理反应并影响Tet(X4)介导的替加环素耐药性的分子基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别