KlebSeq：用于肺炎克雷伯菌监测、检测与监控的诊断工具
基于多重扩增子测序的肺炎克雷伯菌筛查工具数据集，用于菌种、克隆群、耐药与毒力特征检测。
基本信息
模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-10
资源简介
KlebSeq 是一种基于多重扩增子测序的筛查工具，用于检测肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）并鉴定临床重要菌株、克隆群、耐药与毒力特征（包括荚膜分型），无需活菌培养。研究在尿液、伤口拭子与组织、呼吸道和粪便等多种标本类型中验证该工具，可用于患者定植筛查、医疗相关感染监测和暴发风险评估。数据集来源于 NCBI SRA（SRP082236），主要包含扩增子测序数据。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/SRP082236
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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