E-MTAB-3649：LoVo细胞感染Listeria 24小时后的转录组测序
数据通过高通量测序对 LoVo 细胞进行转录组分析，比较感染 Listeria 24 小时与未感染细胞的表达差异。可用于研究宿主细胞在细菌感染后的转录响应、筛选差异表达基因，并支持感染性疾病相关的机制探索与分类建模（来源 ebi.ac.uk）
基本信息
资源简介
E-MTAB-3649：LoVo细胞感染Listeria 24小时后的转录组测序
E-MTAB-3649 是一项基于高通量测序的转录组表达实验，研究对象为 Homo sapiens 的 LoVo 细胞。该实验通过比较感染 Listeria 24 小时后的 LoVo 细胞与未感染细胞，获取宿主细胞在细菌感染条件下的基因表达差异信息。数据集属于感染 / 感染性疾病分类，来源于 ebi.ac.uk，并在源站被标注为 Expression Atlas experiment (Differential)，主题标签为 Differential。整体而言，该数据集可用于观察宿主细胞在细菌感染后的转录响应，识别差异表达基因，并为感染性疾病相关的机制探索与分类建模提供数据支持。
【数据集背景】
该数据集聚焦于细菌感染过程中宿主细胞的转录组变化。实验以 LoVo 细胞为研究对象，设置感染 Listeria 24 小时与未感染细胞的对照比较，旨在通过高通量测序手段捕捉感染前后基因表达水平的差异。感染性疾病研究通常关注病原体与宿主细胞之间的相互作用，而转录组层面的差异分析能够帮助研究者从基因表达角度理解宿主对感染的响应。该数据集在源站被归类为 Differential 实验，说明其核心设计在于比较不同条件下的表达差异，而非单纯的表达谱描述。其分类归属为感染 / 感染性疾病，进一步明确了其在感染相关研究中的定位。
【数据内容】
数据内容为 LoVo 细胞在感染 Listeria 24 小时与未感染状态下的转录组表达信息，通过高通量测序获得。源站描述指出该实验为 Transcription profiling by high throughput sequencing，物种为 Homo sapiens。由于是 Differential 实验，数据可用于比较两组条件下的表达差异，进而筛选差异表达基因。数据主题标签为 Differential，表明其重点在于条件间的表达变化。除上述信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、reads 长度、表达定量指标或差异分析阈值的具体说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，源站将其描述为 Expression Atlas experiment (Differential)。物种为 Homo sapiens，实验材料为 LoVo 细胞，处理条件为感染 Listeria 24 小时，并与未感染细胞进行比较。采集方式为高通量测序，用于转录组表达分析。除来源站、物种、细胞系、感染条件与测序方式外，源站未提供关于采集时间、地点、操作流程或仪器型号的更多信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究宿主细胞在细菌感染后的转录响应，尤其是 LoVo 细胞在感染 Listeria 24 小时后的基因表达变化。可用于筛选差异表达基因，支持感染性疾病相关的机制探索。同时，由于其属于 Differential 实验，也可用于分类建模等需要比较感染与未感染状态的场景。此外，该数据可用于感染 / 感染性疾病领域的探索性分析，帮助研究者从转录组层面提出后续假设。除上述场景外，源站未提供其他具体应用说明。
【使用方法】
使用该数据集时，可围绕感染与未感染两组条件进行差异表达分析，识别在感染 Listeria 24 小时后表达发生变化的基因。由于数据为高通量测序转录组数据，通常需要经过表达定量、标准化与差异检验等步骤。研究者可根据自身研究目的，将差异表达结果用于功能富集、通路分析或分类建模。具体的数据格式、预处理方式与分析流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集来自 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas experiment (Differential)，来源站为其提供了基本描述。当前可确认的信息包括物种为 Homo sapiens、细胞系为 LoVo、感染条件为 Listeria 24 小时、对照为未感染细胞，以及高通量测序的转录组分析方式。除这些信息外，源站未提供关于数据质量评估、重复数、批次效应、测序深度、覆盖度或验证实验的说明。因此，在使用时需注意这些限制，并结合源站提供的原始信息进行判断。
【引用与许可】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，源站描述为 Expression Atlas experiment (Differential)。关于引用方式与许可条款，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-3649
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcription profiling by high throughput sequencing of LoVo cells infected with Listeria for 24 hr compared to uninfected cells
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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