CTX-M-15 beta-lactamase 隐蔽结合位点候选的分子动力学与AI辅助配体生成数据与代码

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23244731

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 64.85 GB。

数据说明

本数据集支持手稿《分子动力学与AI辅助配体生成识别CTX-M-15 β-内酰胺酶中的隐蔽结合位点候选者》。该存档包含用于识别和评估CTX-M-15 β-内酰胺酶中配体稳定化相邻口袋（LSAP）候选者的计算工作流的数据与代码。该工作流包括：对apo态和avibactam结合的CTX-M-15进行重复分子动力学模拟、基于fpocket的集合口袋检测、Pocket2Mol配体生成、短时蛋白质-配体分子动力学筛选，以及对四个以LSAP为中心的候选分子进行最终三次200 ns模拟。该存档包括：六个初始apo态和avibactam结合全酶200 ns模拟的原始生产输出文件、fpocket筛选输出、选定的口袋文件、第一轮和以LSAP为中心的生成阶段的Pocket2Mol输入与输出文件、20 ns筛选模拟的源文件与汇总输出、四个最终以LSAP为中心的候选者的处理后/拟合后的200 ns轨迹、代表性蛋白质-配体结构、分析脚本、表格化源数据、文件清单以及SHA256校验和。

这些数据旨在支持重现所报道的手稿图、表、筛选漏斗摘要、蛋白质稳定性分析、配体到LSAP距离分析以及最终LSAP相关组分的计算。这些文件仅记录了计算发现和优先级排序；它们不构成配体结合亲和力、酶抑制或变构机制的实验证据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。