新发病原体与脊椎动物宿主间的快速拮抗协同进化

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ae208690cd85a629807b5b07f44864c9b914453516aa2fc86d982c16e37a26e41

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

宿主-病原体协同进化被认为在生态-进化过程中发挥关键作用，包括流行病学动态和性生殖的进化[1-4]。尽管如此，关于宿主-病原体协同进化的直接证据却极为罕见[5-7]，尤其是在脊椎动物宿主中。事实上，尽管已有研究表明脊椎动物宿主会响应病原体而发生进化，或反之亦然[8-12]，但很少有证据表明双方在随时间推移的成功程度上发生了必要的相互变化[13]。在此，我们设计了一项时间移位实验，以证明北美家朱雀（Haemorhous mexicanus）与其细菌性病原体鸡毒支原体（Mycoplasma gallisepticum）之间存在适应性的相互变化[14-16]。我们的实验设计之所以可行，是因为存在接触过疾病和未接触过疾病的朱雀种群，已知这两个种群在实验接种后表现出相同的反应，直到前者近期传播开来的遗传抗性出现为止[14, 17]。

将来自疫情暴发期的病原体分离株接种到暴露群体（以下称适应群体）和未暴露群体（以下称祖先群体）的宿主中，可引起程度相当的亚致死性眼部肿胀；而接种耐药性扩散后采样的分离株，在祖先群体宿主中引起致死症状的可能性高出三倍。同样，病原体在初宿主中成功建立感染、并在诱导死亡之前传播至未感染哨兵宿主的概率，在将近期分离株接种于祖先群体宿主时最高，在将早期分离株接种于适应群体宿主时最低。我们的结果证明了宿主与病原体之间的拮抗性协同进化，即宿主和病原体随时间推移对彼此表现出增强的抗性和毒力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。