PRJNA663631：化脓性链球菌与雅司病流行岛屿儿童特发性皮肤溃疡相关数据集1
该数据集来自NCBI，包含巴布亚新几内亚儿童皮肤溃疡、无症状对照及其环境对照的细菌16S rRNA基因原始测序数据。研究按溃疡中是否存在梅毒螺旋体亚种和杜克雷嗜血杆菌分组，发现化脓性链球菌与不含这两种病原体的溃疡及抗生素治疗失败的溃疡相关
基本信息
资源简介
PRJNA663631：化脓性链球菌与雅司病流行岛屿儿童特发性皮肤溃疡相关数据集1
该数据集来自 NCBI，英文名称为“PRJNA663631: Streptococcus pyogenes is Associated with Idiopathic Cutaneous Ulcers in Children on a Yaws-Endemic Island 1”，本站归类为感染性疾病 / 其他，主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads）。数据集围绕巴布亚新几内亚儿童皮肤溃疡的病因识别展开，包含溃疡样本、无症状对照及其相应环境对照的细菌 16S rRNA 基因原始测序数据。研究按溃疡中是否存在梅毒螺旋体亚种（Treponema pallidum subspecies pertenue）和杜克雷嗜血杆菌（Haemophilus ducreyi）对样本进行分组，并发现化脓性链球菌（Streptococcus pyogenes）与不含这两种病原体的溃疡以及抗生素治疗失败的溃疡相关。该数据可用于相关病原体检测、诊断改进与治疗研究的参考。
【数据集背景】
在热带地区，儿童感染性皮肤溃疡中约三分之二由梅毒螺旋体亚种和杜克雷嗜血杆菌引起，其余溃疡的病因尚不明确。为识别皮肤溃疡的其他病因，研究者在巴布亚新几内亚采集了溃疡部位及健康儿童皮肤的 DNA，并依据溃疡中是否存在梅毒螺旋体亚种和杜克雷嗜血杆菌进行分组，对样本中的细菌 16S rRNA 基因进行测序。该研究旨在改进对这种使儿童痛苦且致衰弱的疾病的诊断检测与治疗。数据集名称中的“Yaws-Endemic Island”提示研究地点位于雅司病流行岛屿，但源站描述未进一步展开该地理与流行病学背景。
【数据内容】
数据集包含溃疡样本、无症状对照及其各自环境对照的细菌 16S rRNA 基因原始测序读段。源站描述提到，本次提交包含溃疡、无症状对照及其相应环境对照的数据，并提及随访溃疡及其环境对照，但该句在源站描述中未完整呈现，后续内容源站未提供。样本按溃疡中梅毒螺旋体亚种和杜克雷嗜血杆菌的存在与否进行分组，测序对象为样本中的细菌 16S rRNA 基因。除上述样本类型与测序目标外，样本数量、读段数量、测序平台和文件格式等具体信息源站未提供。
【采集与来源】
样本采集自巴布亚新几内亚的儿童，包括皮肤溃疡样本和健康儿童皮肤样本，并设置了无症状对照及环境对照。研究者从溃疡和健康儿童皮肤中提取 DNA，对细菌 16S rRNA 基因进行测序。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。关于采集时间、采样部位的具体定义、伦理审批和项目资助等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究儿童皮肤溃疡的细菌群落组成与病因识别，尤其是探索不含梅毒螺旋体亚种和杜克雷嗜血杆菌的溃疡以及抗生素治疗失败溃疡中的病原体关联。基于 16S rRNA 基因测序数据，可用于比较溃疡组与无症状对照、环境对照之间的细菌组成差异，也可为诊断检测方法的改进和治疗策略研究提供数据参考。由于主题标签为原始测序读段，数据适合作为下游微生物组分析流程的输入。
【使用方法】
使用时可依据样本分组信息，将溃疡样本按梅毒螺旋体亚种和杜克雷嗜血杆菌的存在与否进行划分，并与无症状对照及环境对照进行比较，重点分析化脓性链球菌在特定溃疡组中的分布。原始测序读段通常需要经过质控、去噪或聚类、物种注释等常规 16S rRNA 分析步骤。具体的分析流程、参考数据库和参数设置源站未提供，使用者应根据自身研究目的选择合适的方法。
【质量与限制】
源站描述未提供数据质量评估、测序深度、对照设置细节或潜在偏倚等信息。该数据集基于 16S rRNA 基因测序，主要反映细菌群落组成，源站描述未提及宏基因组或分离培养验证等内容。研究结论针对巴布亚新几内亚儿童皮肤溃疡样本，向其他地区或人群外推时需谨慎。随访溃疡相关数据的完整说明在源站描述中未完整呈现，相关细节源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。使用该数据集时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策，具体引用要求与许可条款源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA663631
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在热带地区，儿童感染性皮肤溃疡中有三分之二由梅毒螺旋体亚种pertenue和杜克雷嗜血杆菌引起；其余溃疡的病因尚不明确。为确定皮肤溃疡的其他病因，我们从巴布亚新几内亚的溃疡样本和健康儿童皮肤中采集了DNA。我们根据梅毒螺旋体和杜克雷嗜血杆菌的存在与否将溃疡分组，并对样本中的细菌16S rRNA基因进行了测序。我们发现化脓性链球菌与不含梅毒螺旋体和杜克雷嗜血杆菌的皮肤溃疡以及抗生素治疗失败的溃疡相关。我们的工作应能改善对这种儿童痛苦且致衰弱疾病的诊断检测和治疗。*本提交包含溃疡、无症状对照及其各自环境对照的数据。随访溃疡、其环境对照和阴性对照属于题为“Streptococcus pyogenes is Associated with Idiopathic Cutaneous Ulcers in Children on a Yaws-Endemic Island 2”的项目，因为完整数据集超出了NCBI样本提交限制。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
