PRJNA655471：健康成人志愿者实验性感染S. Paratyphi全血转录反应
该数据集来自NCBI，包含健康成人志愿者实验性感染S. Paratyphi A后全血样本的RNA-seq原始序列读取。样本采集时间点为D0、D0+12、D4、D6（或D7）和D28，参与者接受低剂量或高剂量攻击
基本信息
资源简介
PRJNA655471：健康成人志愿者实验性感染S. Paratyphi全血转录反应
PRJNA655471 数据集收录于 NCBI，主题为实验性感染肠道沙门菌甲型副伤寒血清型（S. Paratyphi A）后健康成人志愿者全血样本的转录组响应。该数据集以原始序列读取（Raw sequence reads）形式提供 RNA-seq 数据，样本覆盖感染前及感染后多个时间点，参与者分别接受低剂量或高剂量攻击。相关临床结果与部分 RNA-seq 数据已发表于同行评议文献，可用于研究宿主在甲型副伤寒感染过程中的全血转录变化。
【数据集背景】
该数据集围绕甲型副伤寒的人体感染模型展开。研究通过实验性攻击健康成人志愿者，观察宿主全血转录组在感染前后的动态变化，以刻画感染早期的宿主反应特征。源站描述指出，该研究的临床结果已发表于 Dobinson 等人的论文，题为 Evaluation of the Clinical and Microbiological Response to Salmonella Paratyphi A Infection in the First Paratyphoid Human Challenge Model，刊于 Clinical Infectious Diseases（2017 年 4 月 15 日；64(8):1066-1073）。此外，该 RNA-seq 数据集已部分纳入 Blohmke CJ、Muller J、Gibani MM、Dobinson H 等人的研究 Diagnostic host gene signature for distinguishing enteric fever from other febrile diseases，刊于 EMBO Molecular Medicine（2019 年 10 月；11(10):e10431）。这些发表信息表明该数据集与甲型副伤寒人体挑战模型及肠热症宿主基因标志物研究直接相关。
【数据内容】
数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即提供 RNA-seq 原始序列读取。样本类型为全血，来源于接受实验性 S. Paratyphi A 攻击的健康成人志愿者。源站描述明确列出样本采集时间点为 D0、D0+12、D4、D6（或 D7）以及 D28，涵盖攻击前基线、攻击后早期及较晚的随访时间点。参与者被分为低剂量（LD）和高剂量（HD）两组接受攻击。除上述样本类型、时间点和分组信息外，源站未提供关于测序平台、读长、文件数量、数据量或具体分析流程的进一步说明。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 收录的序列数据资源。样本采集自健康成人志愿者，在其接受实验性 S. Paratyphi A 攻击后的既定时间点采集全血。源站描述给出了 D0、D0+12、D4、D6（或 D7）、D28 的采样安排，并说明参与者接受低剂量或高剂量攻击。关于样本采集的具体操作规范、伦理审批信息、志愿者纳入排除标准等，源站未提供。
【适用场景】
基于源站描述，该数据集适用于研究健康成人志愿者在实验性感染 S. Paratyphi A 后全血转录组的时序变化，可用于比较攻击前基线（D0）与攻击后不同时间点（D0+12、D4、D6 或 D7、D28）的转录响应，也可用于低剂量与高剂量攻击组之间的对照分析。由于相关数据已部分用于肠热症与其他发热性疾病鉴别诊断的宿主基因标志物研究，该数据集亦可作为此类标志物探索的原始数据来源。具体分析用途需结合原始序列数据及相应实验设计进行判断，源站未提供专门的分析建议。
【使用方法】
源站未提供具体的使用方法说明。该数据集以原始序列读取形式提供，使用者通常需要依据 RNA-seq 数据的通用处理流程进行质量控制、比对和定量分析，但源站未给出针对该数据集的处理步骤、参考基因组版本或分析参数。关于数据下载方式与访问条件，源站未提供进一步说明。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、测序深度、重复数或批次信息的说明。已知的样本采集时间点包括 D0、D0+12、D4、D6（或 D7）和 D28，其中 D6 或 D7 的表述表明不同样本的采样时间可能存在一定差异。参与者接受低剂量或高剂量攻击，但源站未说明两组的具体样本量。该数据集为原始序列读取，未提供经过处理的表达矩阵或分析结果。相关临床结果与部分数据已发表于上述文献，但源站未说明本数据集与已发表分析之间的完整对应关系。
【引用与许可】
源站描述提及两项发表文献：Dobinson 等人的 Clinical Infectious Diseases 论文（2017 年；64(8):1066-1073）报告了该研究的临床结果；Blohmke CJ 等人的 EMBO Molecular Medicine 论文（2019 年；11(10):e10431）部分纳入了该 RNA-seq 数据集。使用该数据集时应参考上述文献。关于数据许可条款或使用限制，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA655471
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究描述了从实验性感染甲型副伤寒沙门菌的健康成年志愿者全血中获得的转录反应。样本采集于D0、D0+12、D4、D6（或D7）、D28。参与者接受低剂量（LD）或高剂量（HD）攻击。本研究的临床结果已发表于：Dobinson等。Evaluation of the Clinical and Microbiological Response to Salmonella Paratyphi A Infection in the First Paratyphoid Human Challenge Model. Clin Infect Dis. 2017年4月15日；64(8)：1066-1073。该RNA-seq数据集已部分纳入：Blohmke CJ, Muller J, Gibani MM, Dobinson H等。Diagnostic host gene signature for distinguishing enteric fever from other febrile diseases. EMBO Mol Med 2019年10月；11(10)：e10431
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
