亚洲与匹配欧洲支气管扩张队列(CAMEB)研究微生物组分析

该数据集来自 NCBI BioProject(ID 590225),对应亚洲与匹配欧洲支气管扩张队列(CAMEB)研究的微生物组分析

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA590225: Microbiome analysis of the Cohort of Asian and Matched European Bronchiectasis (CAMEB) study.

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

亚洲与匹配欧洲支气管扩张队列(CAMEB)研究微生物组分析

PRJNA590225 对应 NCBI BioProject 数据库中编号为 590225 的项目,其英文名称为“Microbiome analysis of the Cohort of Asian and Matched European Bronchiectasis (CAMEB) study.”。从名称可以看出,该项目围绕亚洲与匹配欧洲支气管扩张队列(CAMEB)研究展开微生物组分析。该数据集在分类上归属于感染性疾病 / 其他,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,主题标签为“Raw sequence reads”。BioProject 是围绕某一项研究计划汇集生物数据的记录,通常来自单一机构或联合体,并为用户提供统一入口,以查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集的核心线索是:它来自 NCBI BioProject(ID 590225),对应 CAMEB 研究的微生物组分析,主题标签指向原始测序读长。

【数据集背景】

该数据集对应的是 CAMEB 研究,即亚洲与匹配欧洲支气管扩张队列研究。支气管扩张是一类与感染和微生物群落变化相关的疾病,因此围绕该队列开展微生物组分析,符合感染性疾病研究的一般方向。该 BioProject 记录的作用,是把与这一研究计划相关的生物数据集中在一个入口下,便于用户从不同数据类型之间建立联系。源站描述指出,BioProject 记录来自单一组织或联合体,并围绕单一研究计划汇集数据。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,说明其涉及的数据类型以原始测序读长为主。关于该研究的具体发起机构、研究目的、样本规模、随访设计等信息,源站未提供。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其内容与原始测序读长相关。结合数据集名称中的“Microbiome analysis”,可以判断这些原始测序读长用于微生物组分析。BioProject 记录本身并不只包含一种数据类型,而是提供链接以指向该项目产生的多种数据。因此,该数据集可能作为入口,关联到与 CAMEB 研究微生物组分析相关的原始序列数据。关于具体的测序平台、测序策略、读长长度、数据量、样本数量、微生物组类型(如呼吸道、肠道或其他部位)等信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,属于 NCBI 的 BioProject 数据库,项目编号为 590225。源站描述说明,BioProject 记录来自单一组织或联合体,并围绕单一研究计划汇集数据。该数据集对应的研究计划为 CAMEB 研究,即亚洲与匹配欧洲支气管扩张队列的微生物组分析。关于样本采集地点、采集时间、纳入排除标准、伦理审批、受试者特征等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与微生物组分析相关的原始测序读长查找与使用,尤其是围绕支气管扩张队列的研究场景。由于主题标签为“Raw sequence reads”,它可用于需要原始测序数据进行再分析、方法比较或微生物组组成探索的工作。该数据集归属于感染性疾病 / 其他分类,因此也可作为感染性疾病领域微生物组研究的参考数据入口。关于该数据集是否适用于临床诊断、是否可用于特定病原体检测、是否支持宏基因组或 16S 分析等具体场景,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号为 590225 的记录。该记录提供统一入口,用于查找与 CAMEB 研究微生物组分析相关的多种数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”,用户可据此定位原始测序读长相关数据。关于具体的下载方式、数据格式、分析流程、软件参数、质量控制步骤等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共数据库记录。源站描述仅说明 BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物数据的记录,并提供查找多种数据类型的入口。关于数据质量、测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应、样本代表性等具体质量指标,源站未提供。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,提示其内容以原始读长为主,通常需要后续处理才能用于下游分析。关于该数据集的限制条件、使用约束或技术注意事项,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,对应 BioProject ID 590225。关于该数据集的引用方式、许可协议、使用条款、是否允许再分发或商业使用等信息,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA590225

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

在此,我们报告了针对细菌16S rRNA和核糖体内部转录间隔区(ITS)的靶向扩增子测序,该测序定义了招募自亚洲与匹配欧洲支气管扩张症队列(CAMEB)研究的217名支气管扩张症患者的细菌组和真菌组概况。数据集还包括来自17名患者在三个时间点的纵向样本(同样通过16S rRNA和ITS测序评估),以及痰液衍生的全基因组鸟枪法数据(166名患者)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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