PRJNA576977：澳大利亚Elizabethkingia临床分离株的比较基因组学与抗菌药物耐药性研究

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA576977

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数据说明

近年来，伊丽莎白菌属作为一种医院获得性病原体在全球范围内受到关注。伊丽莎白菌属物种具有固有多重耐药性，主要感染免疫功能低下个体，并与高死亡率（约20-40%）相关。尽管伊丽莎白菌感染在全球呈散发性出现，但我们对全球菌株相关性和抗菌药物耐药模式的认识仍存在空白。为填补这些知识空白，研究者采用MALDI-TOF MS（Vitek MS）和全基因组测序（WGS）对澳大利亚昆士兰州16年间收集的22株伊丽莎白菌属临床分离株进行了检测，并与全球菌株数据集进行比较。针对所有公开可用菌株（n=100）的系统发育基因组重建明确鉴定出16株E. anophelis、3株E. miricola、2株E. meningoseptica和1株E. bruuniana，其中大多数具有此前未描述的多样性。全球关系提示，澳大利亚E. anophelis分离株可能起源于美国、英国和亚洲，此外还存在较近期的传播事件。对密切 related 菌株的基因组检查发现，有证据表明在入院数月的患者中发生了医院内传播？

彼此分离，提示感染 via 一个未识别的、共有的医院环境来源。此外，对22株伊丽莎白菌分离株针对39种抗生素的肉汤微量稀释显示，对氨基糖苷类、碳青霉烯类、头孢菌素类和青霉素类几乎普遍耐药，而对氟喹诺酮类和四环素类敏感。我们的结果表明，澳大利亚伊丽莎白菌具有遗传多样性，其中一些菌株与来自其他大陆的先前报道菌株密切相关。此外，我们确认，由于固有耐药性，伊丽莎白菌感染的抗菌治疗选择有限；然而，澳大利亚分离株似乎对米诺环素、左氧氟沙星和甲氧苄啶/磺胺甲噁唑敏感，提示这些抗菌药物可能提供有效

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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