PRJNA525739：揭示增强第三代头孢菌素对MDR UPEC疗效的新易感靶点

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA525739

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

尿路致病性大肠杆菌（UPEC）是尿路感染（UTI）的主要病因，而UTI是人类最常见的感染性疾病之一。UPEC与多重抗生素耐药性的关联日益增加，包括对第三代头孢菌素的耐药性，而第三代头孢菌素是治疗UTI常用的抗生素类别。我们采用了一种创新的高通量全基因组筛选方法，结合饱和转座子突变和转座子定向插入位点测序（TraDIS）以及表型耐药性评估，以鉴定多重耐药（MDR）UPEC序列型131（ST131）菌株EC958在第三代头孢菌素头孢噻肟存在下存活所需的关键基因。本数据集包括本研究中TraDIS实验的原始测序数据。实验包括两个LB对照样本和两个LB+头孢噻肟测试样本。两个LB对照样本此前已以样本ID SAMN07961466和SAMN07961467上传。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。