基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1544026：小鼠颈椎脱臼与三溴乙醇麻醉后性别依赖性肠道微生物组变异

该数据集来自 NCBI，英文名称为 PRJNA1544026: Sex-Dependent Gut Microbiome Variation Following Cervical Dislocation and Tribromoethanol Anesthesia in Mice，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。数据集围绕小鼠安乐死操作与肠道微生物组快速变化之间的关系展开，比较了三溴乙醇（TBE）麻醉、颈椎脱臼（CD）以及两者联合处理对肠道菌群组成的影响，同时考察采样时间（处理后立即或间隔30分钟）与生物学性别两个因素。肠道腔内容物经16S rRNA基因扩增子测序，靶向V3-V4区域，用于刻画细菌群落组成，并对微生物α多样性与β多样性进行分析。该数据集属于感染性疾病/其他分类，可为研究实验操作程序对微生物组数据的潜在干扰提供原始测序资源。

【数据集背景】

肠道微生物组研究通常涉及动物安乐死与肠道样本采集，但这些操作本身对微生物群落图谱的潜在影响尚未得到充分表征。该数据集正是针对这一问题而设计：通过设置三溴乙醇麻醉、颈椎脱臼以及三溴乙醇给药后联合颈椎脱臼等不同实验分组，考察安乐死相关操作是否会在短时间内引起肠道微生物组的快速变化。研究同时纳入雄性小鼠与雌性小鼠，以评估生物学性别在这一过程中的作用，并按照实验设计在处理后立即或间隔30分钟采集样本，从而把操作方式、采样时机与性别三个变量纳入同一比较框架。

【数据内容】

数据集的内容为16S rRNA基因扩增子测序的原始序列读段，测序靶向细菌16S rRNA基因的V3-V4区域，用于表征肠道腔内容物中的细菌群落组成。基于这些测序数据，源站描述提及对微生物α多样性与β多样性进行了分析评估。数据集的主题标签为原始序列读段，表明其核心提供的是未经聚合的测序读段层面的数据资源。除上述内容外，关于样本数量、读段总量、具体多样性指标数值等，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。实验对象为雄性小鼠与雌性小鼠，被分配至涉及三溴乙醇麻醉、颈椎脱臼或三溴乙醇给药后联合颈椎脱臼的实验组。样本为肠道腔内容物，采集时间点依据实验设计设定为处理后立即或间隔30分钟。所获样本经16S rRNA基因扩增子测序，靶向V3-V4区域。数据集的分类归属为感染性疾病/其他。关于具体采样部位、样本保存与运输条件、测序平台与试剂等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于以下方向：考察安乐死方式（三溴乙醇麻醉、颈椎脱臼及其联合）对小鼠肠道微生物群落组成的短期影响；评估处理后立即采样与间隔30分钟采样之间的微生物组差异；分析雄性小鼠与雌性小鼠在肠道微生物组快速变化上的性别相关差异；以及作为方法学参考，用于讨论动物实验操作程序对微生物组研究结果的潜在混杂效应。此外，其原始序列读段也可作为16S rRNA基因V3-V4区域扩增子数据的资源，用于相关微生物群落组成与多样性分析的方法比较。

【使用方法】

使用时可基于16S rRNA基因V3-V4区域扩增子测序原始读段开展细菌群落组成分析，并按源站描述的思路评估微生物α多样性与β多样性。分析时应结合实验设计中的分组信息，即三溴乙醇麻醉、颈椎脱臼、两者联合三类处理，以及处理后立即与间隔30分钟两个采样时间点和雄雌两性，对样本进行分组比较。关于具体的序列质控流程、聚类或降噪方法、参考数据库与统计模型，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段，源站描述中未提供读段质量评分、测序深度、样本量、重复数等质量相关指标，源站未提供。由于研究聚焦于安乐死操作后短时间内的微生物组变化，其结果解释需结合具体的实验设计与采样时间点；关于批次效应、对照设置细节与潜在偏倚的系统评估，源站未提供。此外，数据集分类标注为感染性疾病/其他，与其实际研究主题的对应关系需使用者自行判断。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI，关于具体的引用方式、作者列表、发表文献与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1544026

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1544026

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究小鼠肠道微生物组与安乐死操作、样本采集时机及生理性别相关的快速变化。尽管肠道微生物组研究通常涉及动物安乐死和肠道样本采集，但这些操作对微生物群落图谱的潜在影响仍未得到充分表征。将雄性和雌性小鼠分配至涉及三溴乙醇（TBE）麻醉、颈椎脱位（CD）或先给予TBE后实施CD的联合处理实验组。根据实验设计，样本于即刻或间隔30分钟后采集。对肠道腔内容物进行靶向V3-V4区域的16S rRNA基因扩增子测序，以表征细菌群落组成。对测序数据进行分析，以评估不同实验条件下的微生物α多样性、β多样性、分类学组成和差异丰度。进一步分析探讨了微生物群落模式、潜在指示类群、预测功能谱以及微生物共现关系。

实验组间的比较旨在探究与CD相关的微生物组变异、TBE潜在的调节作用、采样间隔以及性别因素。该数据集为研究安乐死相关操作及相关实验因素如何影响小鼠肠道微生物组谱的变异提供了资源。它有助于为动物研究中的实验设计、样本采集方案以及微生物组数据的解读提供参考。研究结果的解读应考虑到16S rRNA基因扩增子测序的局限性，该方法提供的是分类学信息和间接的功能预测，而非对微生物活性或功能的直接测量。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别