六种细菌抗菌药物耐药性实验演化数据集

该数据集来自 NCBI BioProject,项目编号 PRJNA1530750,主题为六种细菌抗菌药物耐药性的实验演化,数据主题标签为 Raw sequence reads

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1530750: Experimental evolution of antimicrobial resistance in six bacterial species

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

六种细菌抗菌药物耐药性实验演化数据集

PRJNA1530750 是 NCBI BioProject 数据库中收录的一个生物项目,其英文名称为“Experimental evolution of antimicrobial resistance in six bacterial species”,中文可译为“六种细菌抗菌药物耐药性的实验演化”。该项目聚焦于细菌在抗菌药物压力下的耐药性演化过程,涉及六种细菌物种,所产生的数据以原始序列读段(Raw sequence reads)为主题标签。作为 BioProject 体系中的一项记录,它为研究者提供了一个集中入口,用以发现和链接该项目所生成的不同类型生物学数据。该数据集在分类上归属于感染性疾病 / 其他,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为“Bacteria (ID 1530750) - BioProject - NCBI”。整体而言,这是一个与细菌耐药性实验演化相关的原始测序数据项目,适合对耐药机制、细菌演化及基因组变异感兴趣的研究人员关注。

【数据集背景】

BioProject 是 NCBI 提供的一种资源组织方式,用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据。按照源站描述,一个 BioProject 可以来自单一机构或一个联合体,其记录为用户提供一个统一的位置,以便找到为该计划所生成的各种数据类型之间的链接。PRJNA1530750 正是这样一个 BioProject 记录,其项目编号为 PRJNA1530750,主题为六种细菌抗菌药物耐药性的实验演化。该项目的源站标题标明为“Bacteria (ID 1530750) - BioProject - NCBI”,说明其在 NCBI 的 BioProject 体系中被归入细菌相关项目,并以编号 1530750 进行标识。本站将其分类为感染性疾病 / 其他,反映出该项目在应用领域上与感染性疾病相关,但具体细分方向未在既有信息中进一步限定。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,即原始序列读段。这意味着项目所涉及的数据类型以测序产生的原始读段为主。项目英文名称明确指出其研究内容为“六种细菌抗菌药物耐药性的实验演化”,因此可以理解这些原始序列读段应当与六种细菌在抗菌药物耐药性演化实验中的基因组或转录组等测序活动相关。不过,关于具体的序列读段数量、测序平台、读长、覆盖度、样本数量、物种具体名称、实验设计细节、耐药药物种类等信息,源站未提供。除原始序列读段这一主题标签外,源站未提供其他数据类型或数据文件的详细说明。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,具体以 BioProject 记录的形式呈现,项目编号为 PRJNA1530750。源站标题为“Bacteria (ID 1530750) - BioProject - NCBI”。根据源站对 BioProject 的一般性描述,该项目记录来自单一组织或联合体,旨在汇集与单一研究计划相关的生物学数据。然而,关于该项目的具体提交机构、研究团队、样本采集地点、采集时间、实验操作流程、测序中心等信息,源站未提供。因此,无法进一步说明其采集与来源的具体细节。

【适用场景】

基于项目名称和主题标签,该数据集可能适用于以下通用场景:细菌抗菌药物耐药性演化研究、耐药机制探索、细菌基因组变异分析、实验演化生物学研究,以及针对六种细菌的原始测序数据再分析。由于主题标签为 Raw sequence reads,该数据也可用于序列组装、变异检测、比较基因组学等需要原始读段的生物信息学流程。但需注意,上述适用场景是基于项目名称和数据类型标签的一般性推断,源站未提供具体的适用建议或验证结论。

【使用方法】

该数据集以 BioProject 记录的形式提供,用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问项目编号 PRJNA1530750,并借助 BioProject 记录中提供的链接查找该项目生成的不同类型数据。由于主题标签为 Raw sequence reads,用户可能需要进一步链接至 NCBI 序列读段存档(如 SRA)以获取原始测序数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具、处理流程等,源站未提供。因此,无法给出更详细的操作步骤。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject,属于公共数据库中的项目记录。源站描述指出 BioProject 记录提供用户一个单一位置以找到与项目相关的不同数据类型的链接,这有助于数据发现与整合。然而,关于该数据集的具体质量指标,如测序质量、数据完整性、污染控制、重复性、样本元数据丰富程度等,源站未提供。此外,该项目的具体物种名称、实验条件、耐药性演化结果等信息也均未在已有信息中说明。因此,使用者在利用该数据集时,应自行查阅原始项目记录及相关联的数据文件,以评估其适用性和质量。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制、版权归属等信息,源站未提供。用户在使用该数据集时,应遵循 NCBI 及相关数据存档的一般使用条款,并建议直接访问 BioProject 记录 PRJNA1530750 以获取最新的引用与许可说明。由于源站未提供具体内容,此处无法给出确切的引用格式或授权条款。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1530750

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对六种细菌物种在暴露于不同抗菌药物条件下经实验进化形成的群体进行全基因组测序。该数据集包含实验进化过程中收集的纵向样本、无抗生素对照组以及祖先菌株,旨在研究与新发抗菌药物耐药性进化相关的基因组变化。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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