PRJNA1513702：临床乳腺炎与季节性热应激期间牛乳微生物群的16S rRNA扩增子测序
该数据集为来自亚热带气候区牛乳样本的高通量16S rRNA基因扩增子测序（V3-V4高变区）数据，涵盖健康对照与临床乳腺炎、夏季热应激与冬季等条件
基本信息
资源简介
PRJNA1513702：临床乳腺炎与季节性热应激期间牛乳微生物群的16S rRNA扩增子测序
PRJNA1513702 数据集收录的是牛乳微生物组的高通量 16S rRNA 基因扩增子测序数据，测序区域为 V3–V4 高变区，样本来自亚热带气候区采集的牛乳。该项目的核心目标是考察乳腺内感染（健康对照与临床乳腺炎）与宏观气候季节性（夏季热应激与冬季）两个因素对牛乳微生物组结构稳定性及分类学组成的交互影响。原始测序读长用于评估乳腺菌群失调、核心共生类群的耗竭以及乳腺炎病原病因随季节变化的依赖性格局。数据集在站内归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads），来源为 NCBI。
【数据集背景】
牛乳微生物组与乳腺健康密切相关，临床乳腺炎是奶牛养殖中重要的感染性疾病问题。该数据集所依托的项目聚焦于亚热带气候条件下的牛乳样本，试图回答两个相互交织的问题：其一，乳腺内感染如何改变牛乳微生物群的结构稳定性与分类学组成；其二，夏季热应激与冬季之间的季节性差异如何与感染状态共同作用，影响菌群失调程度、核心共生类群的存续以及乳腺炎病原的病因构成。通过将健康对照与临床乳腺炎样本、夏季与冬季样本纳入同一测序框架，该项目为理解气候季节性因素与感染因素在乳腺微生态中的交互效应提供了原始序列层面的数据基础。
【数据内容】
数据集内容为高通量 16S rRNA 基因扩增子测序产生的原始序列读长，扩增区域为 V3–V4 高变区，测序对象为牛乳样本中的微生物群落。数据可用于解析样本的分类学组成、评估群落结构稳定性、识别核心共生类群的丰度变化，并比较不同感染状态与不同季节条件下乳腺炎相关病原病因的构成差异。主题标签为原始序列读长，表明数据以未经过高级分析的测序读长形式提供。
【采集与来源】
样本为亚热带气候区采集的牛乳，采集设计覆盖健康对照与临床乳腺炎两类感染状态，以及夏季热应激与冬季两类宏观气候季节条件。数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。
【适用场景】
该数据适用于牛乳微生物组研究、乳腺炎相关菌群失调分析、核心共生类群耗竭的评估，以及感染状态与季节因素交互效应的比较研究；也可用于方法学层面针对 16S rRNA 扩增子数据的分类学组成与群落结构分析流程的验证与复用。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1513702
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含来自亚热带气候条件下采集的牛乳样品的高通量16S rRNA基因扩增子测序（V3-V4高变区）数据。本项目研究乳内感染（健康对照 vs. 临床乳腺炎）与宏观气候季节性（夏季热应激 vs. 冬季）对牛乳微生物组结构稳定性和分类组成的交互影响。生成原始测序读段以评估乳腺菌群失调、核心共生类群的耗竭以及乳腺炎病原病因学的季节依赖性变化。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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