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创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

PRJNA1513192：ALKBH5处理下对照与HIV-1感染MT-2细胞中HTLV-1转录本直接RNA测序

PRJNA1513192 数据集聚焦于整合的人T淋巴细胞病毒1型（HTLV-1）转录本在MT-2细胞中的转录后特征，考察HIV-1感染与ALKBH5介导的RNA去甲基化对上述特征的影响。研究对对照MT-2细胞与HIV-1感染MT-2细胞的总RNA分别进行模拟处理或ALKBH5处理，随后开展Oxford Nanopore直接RNA测序，产出原始序列读段。该数据集可用于在对照与HIV-1感染条件下、ALKBH5介导去甲基化前后，对HTLV-1转录本的组成、可变剪接、poly(A)尾长度及RNA修饰模式（尤其是m6A相关信号）进行比较分析，属于感染性疾病领域的其他类数据资源，来源于NCBI。

【数据集背景】

HTLV-1是一种逆转录病毒，其整合后的转录本在宿主细胞中的转录后调控特征对病毒基因表达具有重要影响。MT-2细胞是研究HTLV-1的常用细胞模型。该数据集旨在探究在HIV-1感染背景下，HTLV-1转录本的转录后特征如何变化，以及ALKBH5介导的RNA去甲基化过程对这些特征的作用。研究关注的核心包括转录本组成、可变剪接、poly(A)尾长度以及RNA修饰模式，特别是m6A相关信号。通过设置对照与HIV-1感染、模拟处理与ALKBH5处理的组合，该数据集为理解两种病毒共感染情境下HTLV-1转录后调控提供了直接RNA测序层面的数据基础。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读段。数据来自Oxford Nanopore直接RNA测序，测序对象为对照MT-2细胞与HIV-1感染MT-2细胞在模拟处理或ALKBH5处理后的总RNA。由此形成对照与感染、模拟与处理之间的多组比较设计。基于这些读段，可对HTLV-1转录本的组成、可变剪接、poly(A)尾长度和RNA修饰模式进行分析，尤其关注m6A相关信号在ALKBH5介导去甲基化前后的变化。数据的具体样本数量、读段总数、文件大小与格式等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于ncbi.nlm.nih.gov。样本材料为对照MT-2细胞与HIV-1感染MT-2细胞的总RNA，分别接受模拟处理或ALKBH5处理，随后进行Oxford Nanopore直接RNA测序。该数据集所属分类为感染性疾病 / 其他。关于样本采集时间、细胞培养条件、处理浓度与时长、测序平台型号与试剂版本等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于HTLV-1转录后调控研究，包括转录本组成与可变剪接的比较分析、poly(A)尾长度的测定与比较、RNA修饰模式特别是m6A相关信号的检测，以及ALKBH5介导去甲基化对上述特征影响的评估。也可用于对照与HIV-1感染条件下HTLV-1转录本特征的差异分析。由于提供的是原始序列读段，使用前通常需要经过碱基识别、比对、转录本组装与修饰位点识别等处理流程。具体分析流程与参数需使用方根据研究目的自行确定，源站未提供推荐流程。

【使用方法】

使用该数据集时，可从NCBI获取原始序列读段，随后依据Oxford Nanopore直接RNA测序数据的常规处理方式开展碱基识别、质量控制、比对与下游分析。针对poly(A)尾长度与RNA修饰（如m6A相关信号）的分析，需采用适用于直接RNA测序数据的相应工具与方法。比较分析时可按对照与HIV-1感染、模拟处理与ALKBH5处理的分组进行。关于数据下载的具体入口、文件组织方式及配套元数据，源站未提供进一步说明。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段，未提供经过加工的分析结果。直接RNA测序数据的质量受文库制备、测序深度与碱基识别准确性等因素影响，具体质量指标源站未提供。数据仅涉及MT-2细胞模型中的HTLV-1转录本，结论外推到其他细胞类型或体内情境需谨慎。样本数量、重复设置与统计效力等信息源站未提供，使用方需自行评估。此外，关于ALKBH5处理的具体条件与效率，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自NCBI，具体项目编号为PRJNA1513192。关于引用方式、作者列表、发表文献与数据使用许可条款，源站未提供。使用方应遵循NCBI的相关数据使用政策，并建议在发表成果时注明数据来源。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1513192

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1513192

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究在HIV-1感染及ALKBH5介导的RNA去甲基化条件下，MT-2细胞中整合的人T淋巴细胞病毒1型（HTLV-1）转录本的转录后特征。对来自对照MT-2细胞和HIV-1感染MT-2细胞的总RNA分别进行模拟处理或ALKBH5处理，随后进行Oxford Nanopore直接RNA测序。该数据集可用于比较分析HTLV-1转录本组成、可变剪接、poly(A)尾长度及RNA修饰模式（尤其是m6A相关信号），涵盖对照与HIV-1感染条件在ALKBH5介导的去甲基化前后的情况。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别