PRJNA1511302：基因型关联高危HPV感染阴道微生物组
该数据集来自NCBI，包含按HPV状态分层的女性宫颈阴道微生物组图谱，覆盖对照组、HPV16阳性、HPV18阳性、其他高危型HPV阳性及多重hrHPV共感染组
基本信息
资源简介
PRJNA1511302：基因型关联高危HPV感染阴道微生物组
PRJNA1511302 是一个以基因型分层为核心设计思路的宫颈阴道微生物组数据集，全称为 Genotype-Linked High-Risk HPV Infection Vaginal Microbiome。该数据集收录了来自印度女性队列的宫颈阴道微生物组图谱，按照 HPV 感染状态将样本划分为对照组、HPV16 阳性组、HPV18 阳性组、其他高危型 HPV 阳性组以及多重高危型 HPV 共感染组。数据内容涵盖基于全长 16S rRNA 的分类学图谱、分组多样性分析结果、差异丰度输出以及 FastSpar 微生物关联网络，可用于在基因型分层框架下考察 HPV 相关阴道菌群失调、乳杆菌耗竭、厌氧菌富集及微生物网络重构等现象。数据集在站内归入感染性疾病 / 其他类别，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads），原始来源为 NCBI。
【数据集背景】
高危型人乳头瘤病毒（hrHPV）感染与宫颈阴道微生态之间的关系是感染性疾病研究中的关注点之一。不同 HPV 基因型在致癌风险与生物学行为上存在差异，因此将 HPV 状态按基因型细分，有助于观察不同感染类型下阴道菌群结构的异同。该数据集正是围绕这一需求构建，将受试女性按 HPV 状态分层，形成对照组、HPV16 阳性、HPV18 阳性、其他高危型 HPV 阳性及多重 hrHPV 共感染五类分组，从而支持基因型分层的微生态比较研究。其研究场景定位于印度队列。
【数据内容】
数据集包含多层次的微生物组数据产物。首先是基于全长 16S rRNA 的物种分类学图谱，用于刻画各样本的微生物组成；其次是分组层面的多样性分析结果，用于比较不同 HPV 状态组之间的群落差异；第三是差异丰度分析输出，用于识别组间丰度显著变化的分类单元；第四是 FastSpar 微生物关联网络，用于呈现微生物之间的共现或关联结构。上述内容共同支撑对 HPV 相关阴道菌群失调、乳杆菌耗竭、厌氧菌富集以及微生物网络重构的评估。数据主题标签为原始序列读段。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，样本为女性宫颈阴道微生物组样本，受试者按 HPV 状态进行分层。源站描述明确指出队列来自印度。关于样本采集的具体时间跨度、采样部位的操作细节、测序平台与试剂等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：按 HPV 基因型分层比较宫颈阴道微生物组结构与多样性；考察 HPV16、HPV18、其他高危型及多重 hrHPV 共感染各组与对照组之间在乳杆菌丰度与厌氧菌富集方面的差异；利用 FastSpar 网络结果分析不同 HPV 状态下微生物关联模式的变化；以及作为感染性疾病领域微生物组研究的参考数据，用于方法学比较或结果验证。由于数据包含原始序列读段，也可用于重分析流程的复现与扩展。
【使用方法】
使用时可依据分组信息将样本划分为对照组、HPV16 阳性组、HPV18 阳性组、其他高危型 HPV 阳性组和多重 hrHPV 共感染组，在此基础上开展组间多样性比较与差异丰度分析。分类学图谱可用于群落组成展示，FastSpar 网络结果可用于微生物关联结构的可视化与解读。若需从原始序列读段重新处理，应按照全长 16S rRNA 分析的一般流程进行质量控制、分类学注释与下游统计。源站未提供具体的分析参数、软件版本与操作步骤。
【质量与限制】
该数据集的分组设计覆盖了多种 HPV 状态，便于开展基因型分层分析，但其队列局限于印度人群，向其他人群外推时需谨慎。源站未提供样本量、测序深度、质量控制指标、批次信息及潜在的混杂因素控制情况，因此无法对数据质量作进一步评估。此外，差异丰度与网络分析结果依赖于具体的分析流程与参数设置，源站未提供相关细节。使用者在解释乳杆菌耗竭、厌氧菌富集与网络重构等结论时，应结合自身分析条件加以判断。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI，具体登录号为 PRJNA1511302。关于引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1511302
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含按HPV状态分层的女性宫颈阴道微生物组图谱，包括对照组、HPV16阳性组、HPV18阳性组、其他高危HPV阳性组以及多重hrHPV共感染组。数据涵盖基于全长16S rRNA的分类图谱、组间多样性分析、差异丰度输出以及FastSpar微生物关联网络。这些数据支持在印度队列中对HPV相关阴道菌群失调、乳杆菌耗竭、厌氧菌富集及微生物网络重构进行基因型分层评估。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
依托陕西、四川两大基地，我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系，覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程，为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。
⚡️ 需要数据支持或标注服务？立即联系我们获取专业方案。
