感染猪流行性腹泻病毒nsp3 Mac1突变体的猪肠上皮细胞RNA测序
该数据集为感染猪流行性腹泻病毒（PEDV）nsp3 Mac1突变体的猪肠上皮细胞RNA测序数据。研究以感染复数3，用野生型PEDV icPC22A或携带nsp3 Mac1替换D445A、N462A的重组PEDV感染IPEC-J2细胞，感染后12小时收集细胞进行RNA测序
基本信息
资源简介
感染猪流行性腹泻病毒nsp3 Mac1突变体的猪肠上皮细胞RNA测序
该数据集为感染猪流行性腹泻病毒（PEDV）nsp3 Mac1突变体的猪肠上皮细胞RNA测序数据。研究以感染复数3，用野生型PEDV icPC22A或携带nsp3 Mac1替换D445A、N462A的重组PEDV感染IPEC-J2细胞，感染后12小时收集细胞进行RNA测序。该RNA-seq数据集旨在比较野生型与nsp3 Mac1突变体PEDV感染后宿主转录组响应。数据集英文名称为PRJNA1510013: RNA sequencing of porcine intestinal epithelial cells infected with porcine epidemic diarrhea virus nsp3 Mac1 mutants，主题标签为Raw sequence reads，来源站为ncbi.nlm.nih.gov，本站分类为感染性疾病 / 其他。
【数据集背景】
猪流行性腹泻病毒（PEDV）是影响猪肠道健康的重要病原。PEDV非结构蛋白3（nsp3）含有一个宏结构域（Mac1），该结构域在病毒与宿主相互作用中可能发挥重要作用。本研究聚焦于nsp3 Mac1的突变对宿主转录响应的影响，通过比较野生型PEDV icPC22A与携带nsp3 Mac1替换D445A或N462A的重组PEDV感染猪肠上皮细胞后的基因表达变化，以揭示该结构域在感染过程中的功能。研究选用IPEC-J2细胞作为猪肠上皮细胞模型，以感染复数3进行感染，并在感染后12小时收集细胞进行RNA测序。
【数据内容】
该数据集包含RNA测序产生的原始序列读段（Raw sequence reads），用于分析宿主细胞在感染不同病毒株后的转录组变化。具体样本包括：感染野生型PEDV icPC22A的IPEC-J2细胞、感染携带nsp3 Mac1 D445A替换的重组PEDV的IPEC-J2细胞、感染携带nsp3 Mac1 N462A替换的重组PEDV的IPEC-J2细胞，以及相应的对照组（源站未提供对照组的详细描述）。所有样本均在感染后12小时收集。测序数据可用于比较不同病毒株感染后宿主基因表达的差异。
【采集与来源】
数据来源于ncbi.nlm.nih.gov。实验使用IPEC-J2细胞，以感染复数3分别感染野生型PEDV icPC22A或重组PEDV（nsp3 Mac1 D445A或N462A）。感染后12小时收集细胞，提取RNA并进行RNA测序。源站描述中未提供更详细的样本处理、测序平台或建库方法等信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究PEDV nsp3 Mac1结构域在感染过程中对宿主转录组的影响，可用于比较野生型与突变体感染后宿主基因表达差异，进而探索Mac1结构域在病毒-宿主互作中的潜在功能。此外，也可用于感染性疾病相关研究，特别是猪肠道病毒感染机制和宿主免疫应答的转录组分析。
【使用方法】
用户可通过NCBI获取原始序列读段，进行质量控制、比对至猪参考基因组、差异表达分析等标准RNA-seq分析流程。具体分析步骤需根据研究目的设计，源站未提供推荐的分析流程或参数。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量、测序深度、重复数量或技术验证的详细信息。由于仅收集感染后12小时一个时间点的数据，可能无法全面反映感染过程的动态变化。此外，数据集仅包含原始序列读段，未提供处理后数据或注释信息。
【引用与许可】
源站未提供引用格式或使用许可信息。用户应遵循NCBI的相关数据使用政策。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1510013
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究探讨了猪流行性腹泻病毒(PEDV)非结构蛋白3(nsp3)大结构域(Mac1)突变对猪肠上皮细胞宿主转录反应的影响。以感染复数3，用野生型PEDV icPC22A或携带nsp3 Mac1替换D445A或N462A的重组PEDV感染IPEC-J2细胞。感染后12小时收集细胞进行RNA测序。生成RNA-seq数据集，以比较野生型和nsp3 Mac1突变型PEDV感染后的宿主转录反应。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
