慢性脊髓损伤患者与照护者鼻腔微生物组16S rRNA测序

该数据集包含来自53名慢性脊髓损伤患者和26名照护者的鼻拭子样本的16S rRNA V4区域测序数据,主要目的是比较患者与照护者对照之间的鼻腔微生物组多样性和组成,并检查微生物分类群与临床感染评分之间的关联

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1507329: 16S rRNA sequencing of nasal microbiomes in chronic spinal cord injury patients and caregivers

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

慢性脊髓损伤患者与照护者鼻腔微生物组16S rRNA测序

PRJNA1507329 数据集收录了慢性脊髓损伤患者与照护者鼻腔微生物组的 16S rRNA 测序数据。该项目针对鼻拭子样本的 16S rRNA V4 区域进行测序,样本来自 53 名慢性脊髓损伤患者和 26 名照护者。其核心目的在于比较两类人群鼻腔微生物组的多样性与组成差异,并考察微生物分类群与临床感染评分之间的关联。所得数据可用于分析关键鼻腔菌群与感染风险、损伤水平之间的关系,并为今后研究鼻腔微生物组介导的脊髓损伤人群感染易感性提供参考。该数据集在站内归入感染性疾病 / 其他分类,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),来源为 ncbi.nlm.nih.gov。

【数据集背景】

慢性脊髓损伤人群的感染风险与鼻腔微生物组之间的关系是该项目关注的重点。项目以照护者作为对照,试图在患者与对照之间开展鼻腔微生物组多样性和组成的比较,并进一步检查微生物分类群与临床感染评分之间的关联。这一设计使数据集不仅可用于描述性比较,也支持围绕感染风险与损伤水平的关键鼻腔 taxa 分析,并为后续关于鼻腔微生物组介导的感染易感性研究提供参照。

【数据内容】

数据集的内容为鼻拭子样本的 16S rRNA V4 区域测序数据,主题标签为原始序列读段。样本构成包括 53 名慢性脊髓损伤患者和 26 名照护者。源站描述表明,该数据集支持对鼻腔微生物组多样性和组成的比较分析,以及微生物分类群与临床感染评分关联的检查,并可用于关键鼻腔 taxa 与感染风险、损伤水平关系的分析。除上述信息外,源站未提供更细的序列数量、读长分布或文件清单。

【采集与来源】

样本类型为鼻拭子,采集对象为慢性脊髓损伤患者及其照护者,测序目标为 16S rRNA 基因 V4 区域。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于具体的采样时间、地点、伦理审批及样本处理流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于比较慢性脊髓损伤患者与照护者对照之间鼻腔微生物组的多样性和组成;适用于考察鼻腔微生物分类群与临床感染评分之间的关联;也适用于分析关键鼻腔 taxa 与感染风险及损伤水平的关系。此外,它可作为未来研究鼻腔微生物组介导的脊髓损伤人群感染易感性的参考数据。

【使用方法】

源站未提供具体的使用方法说明。使用者可依据其原始序列读段的主题标签,将其作为鼻腔微生物组 16S rRNA V4 区域测序数据用于上述比较与关联分析;具体分析流程、参数与操作步骤源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供专门的质量评估信息。就已知信息而言,该数据集为 16S rRNA V4 区域测序数据,样本量为 53 名患者与 26 名照护者;其分析范围限于鼻腔微生物组多样性与组成比较,以及微生物分类群与临床感染评分的关联。关于数据质量指标、批次信息及潜在偏倚,源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1507329

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目包括对53名慢性脊髓损伤(SCI)患者和26名照护者采集的鼻拭子样本进行16S rRNA V4区域测序。主要目的是比较SCI患者与照护者对照之间的鼻腔微生物组多样性和组成,并考察微生物分类群与临床感染评分之间的关联。所生成的数据集支持分析与感染风险和损伤程度相关的关键鼻腔分类群,并为未来关于鼻腔微生物组介导的SCI人群感染易感性的研究提供参考。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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