产气荚膜梭菌CpfQ株感染噬菌体phiQ后0、10、40、60分钟的RNA-seq转录组
该数据集为产气荚膜梭菌CpfQ株感染噬菌体phiQ后的全转录组RNA测序原始读段，覆盖感染后0分钟（未感染对照）、10分钟、40分钟和60分钟四个时间点，每个时间点均设生物学重复
基本信息
资源简介
产气荚膜梭菌CpfQ株感染噬菌体phiQ后0、10、40、60分钟的RNA-seq转录组
PRJNA1504144 数据集收录了产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）CpfQ 株在感染噬菌体 phiQ 后的全转录组 RNA 测序原始读段。样本覆盖感染后 0 分钟（未感染对照）、10 分钟、40 分钟和 60 分钟四个时间点，每个时间点均设有生物学重复。该数据集旨在刻画感染周期中宿主细菌与噬菌体 phiQ 双方同时发生的动态转录响应，原始 FASTQ 数据存放于 NCBI SRA，可供研究细菌—噬菌体相互作用、噬菌体裂解机制以及宿主应激反应使用。数据集在站内归入感染性疾病 / 其他分类，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。
【数据集背景】
产气荚膜梭菌是一种重要的细菌病原，噬菌体与宿主之间的相互作用是理解其感染过程与防控策略的重要环节。本数据集针对产气荚膜梭菌 CpfQ 株与噬菌体 phiQ 的感染体系，通过全转录组 RNA 测序，同时捕捉宿主细菌和噬菌体在感染周期内的转录活动变化。其研究目标包括解析细菌—噬菌体互作、噬菌体的裂解机制以及宿主在感染压力下的应激响应。数据集来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据内容】
数据集内容为产气荚膜梭菌 CpfQ 株感染噬菌体 phiQ 后的全转录组 RNA 测序原始读段（raw reads），以 FASTQ 格式提供，并存放于 NCBI SRA。样本按感染后时间点组织，包括 0 分钟未感染对照、10 分钟、40 分钟和 60 分钟四个时间点，每个时间点均制备了生物学重复。测序覆盖宿主细菌与噬菌体 phiQ 双方的转录本，用于表征感染周期中两者的动态并发转录响应。主题标签为 Raw sequence reads。
【采集与来源】
样本来自产气荚膜梭菌 CpfQ 株感染噬菌体 phiQ 的宿主细胞培养物，分别在感染后 0 分钟（未感染对照）、10 分钟、40 分钟和 60 分钟收获，每个时间点设有生物学重复。测序对象为全转录组 RNA，测序产物以原始读段形式提交至 NCBI SRA。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。其余关于采样地点、培养条件、测序平台与试剂批次等信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于以下研究方向：细菌—噬菌体相互作用的转录组分析；噬菌体 phiQ 裂解机制的探索；宿主产气荚膜梭菌在噬菌体感染压力下的应激响应研究；以及感染周期不同时间点上宿主与噬菌体转录动态的比较分析。由于数据同时包含宿主与噬菌体的转录信息，也可用于感染时序表达模式的方法学验证与参考数据构建。
【使用方法】
使用者可从 NCBI SRA 获取原始 FASTQ 读段，按标准 RNA-seq 流程进行质量控制、比对与定量分析。分析时可按 0、10、40、60 分钟四个时间点分组，并利用各时间点的生物学重复进行组间差异比较与时序趋势分析。由于数据同时涵盖宿主与噬菌体转录本，分析中需分别针对细菌基因组与噬菌体基因组进行比对与注释。具体的比对参考序列、注释版本与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
数据集为原始测序读段，未提供处理后表达矩阵或差异分析结果；各时间点设有生物学重复，但重复数量、测序深度、读长与质量评分等信息源站未提供。数据仅覆盖 0、10、40 和 60 分钟四个时间点，时间分辨率有限。样本制备、测序平台与批次效应等信息源站未提供，使用时应自行完成质量控制与批次评估。
【引用与许可】
数据集存放于 NCBI SRA，编号为 PRJNA1504144。具体的引用文献、作者列表与数据使用许可条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1504144
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集包含感染噬菌体phiQ的产气荚膜梭菌菌株CpfQ的全转录组RNA测序原始reads。宿主细胞样本在四个时间点采集：0分钟（未感染对照）、噬菌体感染后10分钟、40分钟和60分钟。每个时间点均制备了生物学重复。进行RNA-seq以表征感染周期中宿主产气荚膜梭菌与噬菌体phiQ的动态同步转录响应。原始FASTQ数据已存入NCBI SRA，用于研究细菌-噬菌体相互作用、噬菌体裂解机制及宿主应激反应。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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