Houttuynia cordata提取物处理EPC细胞抗SVCV的RNA-seq分析
该数据集为针对EPC细胞在SVCV（弹状病毒）感染后24小时、有无Houttuynia cordata提取物处理的转录组测序数据，包含原始序列reads
基本信息
资源简介
Houttuynia cordata提取物处理EPC细胞抗SVCV的RNA-seq分析
PRJNA1502400 数据集收录的是针对 EPC 细胞在 SVCV（弹状病毒）感染后 24 小时、分别接受与未接受 Houttuynia cordata 提取物处理的转录组测序数据，主题标签为原始序列 reads。该研究的目的是系统筛选差异表达基因，阐明 Houttuynia cordata 提取物抗 SVCV 活性的分子调控机制，并为该提取物作为水产养殖抗病毒饲料添加剂的应用提供转录组学证据。数据集归属于感染性疾病 / 其他分类，来源站点为 ncbi.nlm.nih.gov。
【数据集背景】
SVCV 是一种弹状病毒，可感染鱼类并造成养殖损失。本研究以 EPC 细胞为体外模型，在 SVCV 感染后 24 小时这一时间点，比较有无 Houttuynia cordata 提取物处理的细胞转录组，以系统筛选差异表达基因，并解析该提取物抗 SVCV 活性的分子调控机制。研究的应用指向是评估 Houttuynia cordata 提取物作为水产养殖抗病毒饲料添加剂的潜力，并为这一应用提供转录组层面的证据。
【数据内容】
该数据集的内容为转录组测序产生的原始序列 reads，主题标签即为 Raw sequence reads。测序对象为 EPC 细胞，实验分组覆盖 SVCV 感染后 24 小时有无 Houttuynia cordata 提取物处理的条件。数据所对应的分析目标是差异表达基因筛选与分子调控机制阐明。除原始序列 reads 这一数据类型及上述分组与时间点信息外，源站未提供关于样本数量、测序平台、读长、数据量等更细的内容。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov。研究在 EPC 细胞上开展，于 SVCV（弹状病毒）感染后 24 小时进行转录组测序，比较接受与未接受 Houttuynia cordata 提取物处理的细胞。数据以原始序列 reads 的形式提供。关于具体的细胞培养条件、提取物制备方法、感染复数、测序建库流程等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与 SVCV 感染及抗病毒干预相关的转录组分析场景，例如筛选 SVCV 感染后 Houttuynia cordata 提取物处理引起的差异表达基因、探讨该提取物抗 SVCV 活性的分子调控机制，以及为 Houttuynia cordata 提取物作为水产养殖抗病毒饲料添加剂的应用研究提供转录组数据支持。由于数据为原始序列 reads，也可作为转录组数据处理与差异表达分析流程的输入材料。其他具体应用方向源站未提供。
【使用方法】
使用该数据集时，可从原始序列 reads 出发，开展常规转录组数据处理，包括序列质量控制、比对或定量、差异表达基因筛选，并围绕 SVCV 感染后 24 小时有无 Houttuynia cordata 提取物处理的分组进行比较分析，以服务于差异表达基因筛选和分子调控机制探讨的目标。关于参考基因组版本、比对工具、分析参数及差异筛选阈值等具体方案，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为原始序列 reads，使用前通常需要经过质量控制与后续处理。其研究设计限定于 EPC 细胞模型、SVCV 感染后 24 小时这一时间点以及有无 Houttuynia cordata 提取物处理的比较，结论外推到其他细胞、其他感染时间点或体内养殖场景时需要谨慎。关于数据质量指标、样本量、测序深度、重复设置及批次信息等，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov，使用或引用时应遵循源站的相关要求。关于具体的引用格式、作者信息及许可条款，源站未提供。
下载信息
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暂未开放公开下载
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1502400
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究对SVCV（弹状病毒）感染后24小时、经和未经鱼腥草提取物处理的EPC细胞进行了转录组测序。目的是系统筛选差异表达基因，并阐明鱼腥草提取物抗SVCV活性的分子调控机制。该数据集为鱼腥草提取物作为水产养殖抗病毒饲料添加剂的应用提供了转录组学证据。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
