基本信息

模态

基因组

任务类型

预测

创建/更新时间

2026-10-23

资源简介

PRJNA1499782：CH848var B细胞受体下一代测序

PRJNA1499782 是一个以 B 细胞受体（BCR）下一代测序为核心的数据集，全称为 CH848var B Cell Receptor Next Generation Sequencing，收录于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），在本站归类为感染性疾病 / 其他。该数据集来源于对三只感染了猴-人免疫缺陷病毒（SHIV）的恒河猴所开展的纵向 B 细胞受体测序研究，其科学目标在于刻画广谱中和抗体谱系的出现与演化过程。数据以原始测序读段（Raw sequence reads）的形式提供，覆盖感染过程中 B 细胞受体的序列信息，可用于抗体谱系追踪、B 细胞受体多样性分析以及感染免疫应答相关研究，为理解广谱中和抗体在感染过程中的发生与演变提供了序列层面的基础资料。

【数据集背景】

该数据集围绕猴-人免疫缺陷病毒（SHIV）感染模型中的体液免疫应答展开。研究以三只感染 SHIV 的恒河猴为对象，采用纵向采样的方式获取 B 细胞受体测序数据，目的是刻画广谱中和抗体谱系的出现与演化。广谱中和抗体的产生通常伴随 B 细胞受体谱系的连续变化，因此需要在感染过程的多个时间点上对 BCR 序列进行追踪。该数据集正是为这一研究目标而生成的测序数据集合，属于感染性疾病领域的免疫组库测序资料。

【数据内容】

数据集的内容为 B 细胞受体下一代测序产生的原始测序读段，主题标签为 Raw sequence reads。数据覆盖感染过程中 B 细胞受体的序列信息，即来自三只 SHIV 感染恒河猴的纵向 BCR 测序数据。这些序列信息可用于刻画广谱中和抗体谱系的出现与演化过程，并支持抗体谱系追踪与 B 细胞受体多样性分析。关于测序平台、读段长度、样本数量、时间点数目等具体技术参数，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。样本来自三只感染猴-人免疫缺陷病毒（SHIV）的恒河猴，采用纵向 B 细胞受体测序策略，即在感染过程中对同一批动物进行多次采样测序，以捕捉 B 细胞受体序列随时间的动态变化。该数据集即为上述研究产生的原始测序读段集合。关于采样组织部位、采样时间间隔、动物个体信息及测序机构等细节，源站未提供。

【适用场景】

基于其内容与来源描述，该数据集适用于以下研究方向：抗体谱系追踪，即沿感染时间线追踪广谱中和抗体相关 B 细胞受体谱系的出现与演化；B 细胞受体多样性分析，利用纵向 BCR 测序数据评估免疫组库的组成与变化；感染免疫应答相关研究，特别是针对 SHIV 感染模型中体液免疫动态的研究。此外，作为原始测序读段数据，它也可作为 BCR 序列分析流程的输入材料。关于该数据集在其他具体疾病或应用场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始测序读段形式提供，使用时可从 NCBI 获取相应的序列数据，并按照 B 细胞受体测序数据的常规分析思路进行处理，例如序列比对、克隆型划分、谱系构建与多样性统计等，以服务于抗体谱系追踪和 B 细胞受体多样性分析。关于具体的分析流程、推荐工具、参数设置及数据组织方式，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于三只 SHIV 感染恒河猴的纵向 B 细胞受体测序，样本量有限，其结论外推到其他宿主或感染背景时需谨慎。数据为原始测序读段，使用前通常需要经过质量控制与预处理。关于测序深度、错误率、数据完整性及具体质控指标，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），使用时应遵循源站的引用规范与数据使用条款。关于具体的文献引用信息、作者列表及许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1499782

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1499782

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包括了三只感染猿-人免疫缺陷病毒的恒河猴的纵向B细胞受体测序数据，用于描述广泛中和抗体谱系的出现和演化特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别