PRJNA1479305：Gypenosides处理或PCOS模型供体粪菌移植后受体大鼠肠道菌群16S rRNA基因测序
该数据集为NCBI BioProject PRJNA1479305，收录受体大鼠接受粪菌移植后的肠道菌群16S rRNA基因测序原始序列读段
基本信息
资源简介
PRJNA1479305：Gypenosides处理或PCOS模型供体粪菌移植后受体大鼠肠道菌群16S rRNA基因测序
PRJNA1479305 是 NCBI BioProject 数据库中的一个项目记录，全称为“16S rRNA Gene Sequencing of Gut Microbiota in Recipient Rats after Fecal Microbiota Transplantation from Gypenosides-Treated or PCOS-Model Donors”。该项目围绕受体大鼠在接受粪菌移植后的肠道菌群展开，采用 16S rRNA 基因测序技术获取菌群组成信息，数据以原始序列读段的形式呈现。项目记录汇集了与这一研究计划相关的生物数据，为用户提供统一的入口，以便查找和访问该项目所产生的各类数据。从分类上看，该数据集被归入感染性疾病 / 其他类别，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为 Raw sequence reads。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，记录编号为 PRJNA1479305。BioProject 是围绕某一项研究计划而组织的生物数据集合，通常来自单一机构或联合体。BioProject 记录的作用在于为用户提供一个集中位置，用以发现并链接到该项目所生成的不同类型数据。本项目聚焦于粪菌移植场景下的肠道菌群研究，供体涉及两类：经绞股蓝皂苷处理的供体，以及 PCOS 模型供体；受体为大鼠。研究通过 16S rRNA 基因测序来刻画受体大鼠在接受粪菌移植后的肠道菌群特征。
【数据内容】
该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读段。数据内容为受体大鼠接受粪菌移植后肠道菌群的 16S rRNA 基因测序原始读段。这些读段可用于后续的菌群组成分析。关于具体的样本数量、测序平台、读段长度、数据量等细节，源站未提供。
【采集与来源】
数据来自 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 PRJNA1479305。研究对象为接受粪菌移植的受体大鼠，粪菌供体包括经绞股蓝皂苷处理的供体以及 PCOS 模型供体。关于采样时间、采样部位、样本处理流程、实验动物品系与饲养条件等具体信息，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于肠道菌群研究相关场景，尤其是涉及粪菌移植后受体肠道菌群变化的分析。由于供体分为经绞股蓝皂苷处理和 PCOS 模型两类，该数据可用于比较不同供体来源粪菌移植对受体大鼠肠道菌群的影响。此外，16S rRNA 基因测序原始读段可用于微生物群落多样性分析、物种组成与相对丰度分析等常规下游分析。关于该数据在其他具体研究场景中的适用性，源站未提供。
【使用方法】
该数据集以原始序列读段形式提供，用户可通过 NCBI BioProject 记录 PRJNA1479305 查找并链接到相关数据。使用时可按照 16S rRNA 基因测序数据的常规流程进行处理，例如质控、去噪或聚类、物种注释及多样性分析等。关于具体的下载方式、数据格式、分析参数与推荐流程，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 NCBI BioProject 记录，提供原始序列读段。关于数据质量指标、测序深度、覆盖度、污染评估、批次效应以及样本量等方面的具体信息，源站未提供。使用时应结合原始项目记录中的说明进行评估。
【引用与许可】
该数据集来自 NCBI BioProject，编号为 PRJNA1479305。关于引用方式、许可条款与使用限制，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1479305
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
肠道微生物群已被认为是多囊卵巢综合征（PCOS）发病机制中的关键介质。然而，特定微生物群改变能够传递疾病或治疗效果的因果证据仍不完整。在本研究中，我们采用来曲唑诱导的PCOS大鼠模型进行了双向粪菌移植（FMT）实验。正常受体大鼠先用广谱抗生素混合物（氨苄西林、新霉素、甲硝唑、万古霉素）预处理7天以清除内源性肠道微生物群，随后移植PCOS模型供体微生物群（FMT-PCOS组，n = 6）。另外，PCOS受体大鼠经类似预处理后，移植GPs调理的供体微生物群（FMT-GPs组，n = 6）。FMT后收集受体大鼠的粪便样本，扩增细菌16S rRNA基因V3-V4高变区，并在Illumina平台上测序。所提交的数据集包含原始测序文件（FASTQ格式）和来自12个样本（每组6个）的样本元数据。
目标是：1）比较FMT-GPs与FMT-PCOS受体大鼠之间的肠道微生物组成、α多样性和β多样性；2）鉴定由GPs条件化微生物群富集或PCOS条件化微生物群耗竭的特定细菌分类群（如Lactobacillus、Romboutsia）；3）提供因果证据，证明GPs重编程的肠道微生物群足以恢复有益的微生物群落结构，而PCOS相关微生物群可将菌群失调转移至正常受体。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
