PRJNA1478078:微塑料与蛙病毒共暴露对白氏树蛙肠道微生物组的影响

该数据集为白氏树蛙(Litoria caerulea)肠道微生物群的16S rRNA扩增子测序原始序列数据,涵盖暴露于0、5、20和60 mg/L高密度聚乙烯(HDPE)微塑料并接受或不接受蛙病毒(ranavirus)攻击的样本

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1478078: Microplastics and ranavirus co-exposure effects on gut microbiome of Litoria caerulea

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

PRJNA1478078:微塑料与蛙病毒共暴露对白氏树蛙肠道微生物组的影响

该数据集为白氏树蛙(Litoria caerulea)肠道微生物群的16S rRNA扩增子测序原始序列数据,涵盖暴露于0、5、20和60 mg/L高密度聚乙烯(HDPE)微塑料并接受或不接受蛙病毒(ranavirus)攻击的样本。数据集来源于ncbi.nlm.nih.gov,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads),本站归类为感染性疾病/其他。其配套研究考察微塑料暴露与蛙病毒感染对宿主生理及肠道微生物群结构的联合影响,为相关环境毒理与感染性疾病交叉研究提供原始测序数据支撑。

【数据集背景】

该数据集围绕微塑料与蛙病毒共同暴露对白氏树蛙肠道微生物群的影响而建立。源站描述指出,该数据集支持一项研究,考察微塑料暴露与蛙病毒感染对宿主生理和肠道微生物群结构的联合效应。研究采用16S rRNA扩增子测序手段,对白氏树蛙肠道微生物群进行分析,样本涉及不同浓度高密度聚乙烯(HDPE)微塑料暴露并接受或不接受蛙病毒攻击的处理组合。数据集英文名称中同时包含微塑料与蛙病毒共同暴露以及白氏树蛙肠道微生物群两项核心要素,体现了其在环境污染物与病原体联合作用研究中的定位。

【数据内容】

数据内容为白氏树蛙肠道微生物群的16S rRNA扩增子测序原始序列读段。样本覆盖微塑料暴露浓度为0、5、20和60 mg/L的高密度聚乙烯(HDPE)处理组,并区分接受或不接受蛙病毒攻击两种状态。主题标签为原始序列读段,表明数据以测序产生的原始读段形式提供。源站未提供序列条数、读段长度、样本数量、文件格式与数据体积等具体信息。

【采集与来源】

数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov。源站描述说明,该数据来自对白氏树蛙肠道微生物群开展的16S rRNA扩增子测序,实验涉及微塑料暴露与蛙病毒攻击的处理组合。关于采样地点、采样时间、实验动物来源、测序平台与试剂等具体采集信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于考察微塑料暴露与蛙病毒感染联合作用下宿主肠道微生物群结构变化的研究场景,可用于16S rRNA扩增子数据的再分析、微生物群落组成与结构的比较分析,以及环境污染物与病原体共同暴露对宿主生理与肠道微生物群影响的交叉研究。具体分析目标与分析流程应结合原始研究设计确定,源站未提供更多适用场景说明。

【使用方法】

使用者可依据16S rRNA扩增子测序原始序列读段的常规处理方式,对数据进行质量控制、序列拼接或去噪、分类学注释与群落结构分析,并按微塑料浓度与蛙病毒攻击状态对样本进行分组比较。源站未提供具体的分析流程、参数设置与软件工具建议。

【质量与限制】

源站未提供质量控制指标、测序深度、样本重复数以及数据完整性说明。使用时应注意到,该数据集为特定物种、特定实验条件下的16S rRNA扩增子原始序列读段,结果解释应限定于相应实验设计与处理组合范围。源站未提供其他质量与限制信息。

【引用与许可】

源站未提供引用方式与许可信息。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1478078

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

白树蛙(Litoria caerulea)暴露于微塑料(0、5、20和60 mg/L HDPE)并伴或不伴蛙病毒感染后的肠道菌群16S rRNA扩增子测序。该数据集支持一项研究,探讨微塑料暴露与蛙病毒感染对宿主生理及肠道微生物组结构的联合影响。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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