PRJNA1450287：WSV249敲降下凡纳滨对虾WSSV感染的宿主转录组RNA-seq分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1450287

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目研究在RNA干扰（RNAi）介导沉默病毒基因wsv249的条件下，凡纳滨对虾（Penaeus vannamei）对白斑综合征病毒（WSSV）感染的宿主转录组响应。对虾注射靶向wsv249的dsRNA（dsRNA-WSV249）、dsRNA-EGFP（对照）或PBS后，进行WSSV攻毒。在感染后多个时间点（感染后0、6、12、24和48小时）采集鳃组织，提取总RNA用于高通量测序。RNA-seq文库采用链特异性总RNA方案制备，去除核糖体RNA，并在Illumina平台上以双端模式测序。所生成的数据可用于表征宿主基因表达动态、鉴定差异表达基因，以及与抗病毒反应和病毒复制相关的功能通路分析。该数据集有助于研究WSSV wsv249基因（一种推测的E3泛素连接酶）在调控宿主-病毒相互作用及促进病毒致病性中的作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。