溶藻弧菌Va2225与四噬菌体鸡尾酒30天体外共进化时间分辨群体基因组分析
该数据集来自NCBI，为溶藻弧菌Va2225与靶向不同受体的四噬菌体鸡尾酒进行30天体外共进化实验的时间分辨群体基因组测序数据
基本信息
资源简介
溶藻弧菌Va2225与四噬菌体鸡尾酒30天体外共进化时间分辨群体基因组分析
PRJNA1441422 数据集来自 NCBI，记录了溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）菌株 Va2225 与一种靶向不同宿主受体的四噬菌体鸡尾酒在体外共进化过程中的时间分辨群体基因组变化。该实验采用为期 30 天的连续传代进化设计，使病原性海洋细菌持续面对由四种不同噬菌体组成的治疗性鸡尾酒的选择压力，并在实验全程的 10 个关键时间点开展群体基因组测序，从而以较高分辨率捕捉细菌与噬菌体之间协同进化的“军备竞赛”过程。数据集的主题标签为原始测序读长（Raw sequence reads），属于感染性疾病领域的其他类数据资源，适合用于研究噬菌体治疗压力下的细菌群体遗传动态。
【数据集背景】
溶藻弧菌是一种病原性海洋细菌，而噬菌体鸡尾酒疗法是应对细菌感染的重要研究方向之一。该数据集所依托的项目关注细菌宿主与治疗性噬菌体鸡尾酒之间的协同进化关系。实验中使用的鸡尾酒由四种不同的噬菌体组成，每种噬菌体利用不同的宿主受体进行感染，这种设计使细菌难以通过单一受体改变同时逃避全部噬菌体的侵染，从而形成持续的选择压力。项目通过连续传代的方式在体外模拟这一进化过程，为观察细菌群体在多重噬菌体压力下的基因组响应提供了实验基础。
【数据内容】
该数据集的核心内容是群体基因组测序产生的原始测序读长。测序覆盖实验全程的 10 个关键时间点，构成一个高分辨率的基因组时间序列，用于追踪溶藻弧菌 Va2225 在与四噬菌体鸡尾酒共进化 30 天过程中的群体基因组变化。数据主题标签为 Raw sequence reads，表明数据以原始读长形式提供，后续分析需要经过比对、变异检测、群体遗传分析等处理步骤。源站未提供样本数量、测序平台、读长长度、数据总量等具体技术参数。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。其产生背景是一项为期 30 天的连续传代进化实验：将溶藻弧菌菌株 Va2225 置于由四种靶向不同受体的噬菌体组成的鸡尾酒压力下进行体外共培养，并在实验过程中的 10 个关键时间点取样进行群体基因组测序。源站未提供具体的培养条件、传代频率、取样体积、测序机构及建库方法等信息。
【适用场景】
该数据集适用于研究细菌与噬菌体之间的协同进化机制，尤其是多重噬菌体压力下细菌受体相关基因及群体基因组多样性的动态变化；也可用于噬菌体治疗相关的耐药性演化分析、时间序列群体基因组学方法开发与验证，以及感染性疾病领域中对噬菌体鸡尾酒疗法可持续性的评估研究。由于数据以原始读长形式提供，还可作为基因组变异检测和群体遗传分析流程的输入数据。
【使用方法】
使用该数据集时，通常需要先从 NCBI 获取原始测序读长，随后进行质量控制、参考基因组比对、变异检测与等位基因频率估计，再结合 10 个时间点的序列信息开展时间序列群体基因组分析，以识别在共进化过程中频率发生显著变化的基因或突变。由于源站未提供具体的分析流程与参数，实际分析方案需由使用者根据研究目的自行设计。
【质量与限制】
该数据集为原始测序读长，未提供经过拼接或注释的基因组组装结果，使用前需要自行完成数据处理。源站未提供测序深度、覆盖度、重复样本设置、质量控制指标等质量相关信息，也未提供数据可能存在的技术偏差说明。此外，该数据来自体外连续传代实验，源站未提供其与体内或自然感染情境之间可比性的说明，使用者在推广结论时需谨慎。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用方式与许可条款信息。使用时应遵循 NCBI 的相关数据使用政策，并建议查阅项目页面获取最新的引用与授权说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1441422
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目提供了一个高分辨率基因组时间序列，捕捉了致病性海洋细菌溶藻弧菌（Vibrio alginolyticus）菌株Va2225与治疗性噬菌体混合物之间的协同进化军备竞赛。该数据集源自一项为期30天的连续传代进化实验，其中细菌宿主受到四种不同噬菌体混合物的挑战，每种噬菌体利用不同的宿主受体进行感染。在整个实验的10个关键时间点进行了群体基因组测序。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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