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创建/更新时间

2026-10-22

资源简介

PRJNA1392631：坦桑尼亚姆万扎骨科病房环境来源多重耐药产酸克雷伯菌全基因组测序

PRJNA1392631 收录了一株多重耐药产酸克雷伯菌（Klebsiella oxytoca）环境分离株的短读长全基因组测序数据。该分离株采自坦桑尼亚姆万扎一家三级医院骨科病房的环境表面，具体位置为轮椅扶手。数据以原始测序读长（Raw sequence reads）形式提供，属于感染性疾病领域的其他类数据资源，来源于 NCBI 的 BioProject 数据库。该数据集围绕医院环境耐药菌储库的监测与研究需求而建立，可用于刻画该分离株的抗菌药物耐药决定因子与质粒复制子特征，并支持与非洲地区已公开的产酸克雷伯菌基因组开展比较基因组学分析，为撒哈拉以南非洲地区的感染预防与控制干预提供数据基础。

【数据集背景】

多重耐药细菌在医院环境中的存活与传播是医疗机构感染防控面临的重要问题。环境表面常被视作耐药菌的潜在储库，轮椅扶手等高频接触部位尤其值得关注。该数据集正是针对这一背景而建立：从坦桑尼亚姆万扎一家三级医院骨科病房的环境表面分离到一株多重耐药产酸克雷伯菌，并对其进行全基因组测序，以在基因组水平上认识其耐药特征，服务于医院环境耐药菌储库的监测与研究，并为撒哈拉以南非洲的感染预防与控制工作提供参考信息。

【数据内容】

该 BioProject 包含该分离株的短读长全基因组测序数据，主题标签为原始测序读长。源站说明指出，对该基因组开展了分析，以表征其抗菌药物耐药决定因子和质粒复制子，其中包括高风险的 IncFIB(K)/IncFII(K) 复制子；同时支持与公开可获取的非洲产酸克雷伯菌基因组进行比较基因组学分析。除上述内容外，数据的具体样本数、读长长度、测序平台、组装与注释文件等信息源站未提供。

【采集与来源】

分离株的来源为坦桑尼亚姆万扎一家三级医院的骨科病房环境表面，采样对象为轮椅扶手。该菌株被鉴定为多重耐药的产酸克雷伯菌。数据由 NCBI 的 BioProject 数据库（ncbi.nlm.nih.gov）发布，项目编号为 PRJNA1392631。采样时间、分离与鉴定流程、伦理审批等细节源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于医院环境耐药菌储库的监测与研究，可用于分析该分离株的抗菌药物耐药决定因子及质粒复制子组成，并作为比较基因组学研究的输入，与非洲地区公开的产酸克雷伯菌基因组进行对照分析。其潜在应用方向包括为感染预防与控制干预措施提供基因组层面的参考依据，以及支持撒哈拉以南非洲地区相关监测工作。具体分析方案与验证结果源站未提供。

【使用方法】

使用者可依据 BioProject 编号 PRJNA1392631 在 NCBI 获取该项目的原始测序读长数据，并按照短读长数据的常规处理方式开展后续分析，例如耐药基因与质粒复制子的识别、以及与其他基因组的比较分析。源站未提供具体的分析流程、软件参数或操作步骤，使用时应结合研究目的自行设计并说明方法。

【质量与限制】

该数据集为短读长全基因组测序数据，源站未提供读长质量、覆盖度、组装完整性或污染评估等质量指标。由于仅涉及单一分离株和单一采样部位，其代表性有限，不宜直接外推至其他病房、其他医院或其他地区。此外，数据未包含表型药敏试验结果、临床信息或流行病学背景资料，相关结论需谨慎解读。上述未提及的质量与限制信息源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI BioProject（编号 PRJNA1392631），使用时应遵循源站的引用规范并注明项目编号。具体的引用文献、作者列表以及数据使用许可条款源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1392631

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1392631

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该BioProject包含一株多重耐药产酸克雷伯菌分离株的短读长全基因组测序数据，该菌株采自坦桑尼亚姆万扎一家三级医疗机构的骨科病房环境表面（轮椅扶手）。对基因组进行分析以表征抗菌药物耐药决定因子和质粒复制子（包括高风险IncFIB(K)/IncFII(K)），并支持与公开可得的非洲产酸克雷伯菌基因组的比较基因组学研究。该数据集旨在促进对医院环境中抗菌药物耐药储库的监测与研究，并为撒哈拉以南非洲的感染预防与控制干预措施提供依据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别