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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1357363：铜绿假单胞菌角膜炎 miRNA 表达谱

PRJNA1357363 是一个聚焦于铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa，PA）角膜炎的小 RNA 测序数据集，来源于 NCBI。该数据集旨在全面刻画 PA 角膜炎发生过程中角膜组织内 microRNA（miRNA）的表达谱。研究采集了接受治疗性穿透性角膜移植术（TPK）的 PA 角膜炎患者角膜片样本，并以死后供体来源的健康角膜片作为对照，通过基于 NGS 的小 RNA 测序获取 miRNA 表达信息。数据集共包含 PA 角膜炎样本 3 例和健康角膜对照 3 例，属于感染性疾病领域的原始序列读长数据，可用于探索宿主 miRNA 在该感染性角膜病变中的表达变化。

【数据集背景】

铜绿假单胞菌角膜炎是一种威胁视力的角膜感染性疾病。该研究关注的核心问题是：在 PA 角膜炎状态下，角膜组织中 miRNA 的表达谱如何变化。miRNA 作为一类重要的基因表达调控分子，其在感染性角膜病变中的表达特征可能与该疾病的病理过程相关。该数据集正是围绕这一背景，通过小 RNA 测序技术对 PA 角膜炎患者与健康对照的角膜组织进行比较性分析，以识别与疾病相关的 miRNA 表达谱。该数据集的分类归属于感染性疾病 / 其他，主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads），表明其核心数据形式为测序产生的原始读长。

【数据内容】

该数据集包含小 RNA 测序数据，样本分为两组：一组为 PA 角膜炎患者的角膜片样本，共 3 例（n = 3）；另一组为健康角膜对照样本，共 3 例（n = 3），来源于死后供体。测序策略为基于 NGS 的小 RNA 测序，目标是鉴定与 PA 角膜炎相关的 miRNA 表达谱。数据内容以原始序列读长形式提供，属于该研究的小 RNA 测序原始数据集合。除上述样本数量、分组和测序类型外，源站未提供更详细的读长数量、测序深度、miRNA 具体种类或表达定量结果等信息。

【采集与来源】

样本采集自 PA 角膜炎患者和健康对照两类来源。PA 角膜炎样本来自接受治疗性穿透性角膜移植术（TPK）手术的患者，采集组织为角膜片（corneal button）。对照样本为死后供体来源的健康角膜片。所有样本均用于小 RNA 测序，以获取 miRNA 表达谱。该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于样本采集的具体时间、地点、伦理审批信息以及供体或患者的其他临床特征，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于感染性疾病尤其是铜绿假单胞菌角膜炎相关的研究场景。具体而言，可用于分析 PA 角膜炎患者角膜组织与健康角膜组织之间 miRNA 表达谱的差异，识别与该疾病相关的候选 miRNA；也可作为小 RNA 测序数据分析流程的输入数据，用于 miRNA 鉴定、表达定量和差异表达分析等方法学探索。此外，该数据集可为研究宿主 miRNA 在角膜感染过程中的调控作用提供原始测序数据基础。由于样本量较小，其适用场景更偏向于探索性分析或作为更大型研究的组成部分，而非直接用于大规模人群推断。

【使用方法】

该数据集以原始序列读长形式提供，使用时可按照小 RNA 测序数据的常规分析流程进行处理。一般步骤包括：对原始读长进行质量控制与过滤，去除低质量序列和接头污染；将清洗后的读长比对到参考基因组或 miRNA 数据库；进行 miRNA 鉴定与表达定量；随后在 PA 角膜炎组与健康对照组之间进行差异表达分析。由于该数据集包含 3 例 PA 角膜炎样本和 3 例健康对照样本，分析时需注意分组标签的对应关系。关于具体的分析参数、参考基因组版本、miRNA 数据库版本以及推荐软件，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的样本量较小，PA 角膜炎组和健康对照组各仅 3 例，这一规模可能限制统计功效和结果的稳健性。对照样本来源于死后供体健康角膜片，与患者角膜片在组织获取方式上存在差异，可能引入与疾病无关的技术或生物学变异。此外，该数据集仅包含小 RNA 测序的原始序列读长，源站未提供关于测序质量、读长长度、覆盖度、批次效应或验证实验的详细信息。因此，在解释分析结果时需谨慎，并考虑样本量小和来源差异带来的潜在限制。其他质量相关指标，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI，英文名称为 PRJNA1357363: miRNA profiling in Pseudomonas aeruginosa Keratitis。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制以及是否允许再分发等具体信息，源站未提供。使用者应直接访问 NCBI 来源页面获取相关的引用要求和许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1357363

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1357363

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究旨在全面分析铜绿假单胞菌(PA)角膜炎期间表达的微小RNAs(miRNAs)，这是一种威胁视力的角膜感染。角膜样本取自接受治疗性穿透性角膜移植术(TPK)的PA角膜炎患者，并进行了基于NGS的小RNA测序，以识别与该疾病相关的miRNA表达谱。取自死后捐赠者的健康角膜样本作为对照。该数据集包括来自PA角膜炎样本(n = 3)和健康角膜对照(n = 3)的小RNA测序数据。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别